Các bị can trên đây bị truy tố về ba tội danh: buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, và tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có.
Theo cáo trạng, ngày 28/7/2012, tại vùng biển Thanh Hóa, Hải đội 2 - Cục Điều tra chống buôn lậu, Tổng cục Hải quan bắt quả tang Chen Xing Chun (quốc tịch Trung Quốc), thuyền trưởng tàu Jiang Zhou 1 đang bơm xăng A92 sang các tàu của Việt Nam là tàu Minh Châu 08 (thuộc Cty Tiến Nhật, trụ sở tại Nghệ An) và tàu Hoàng Sơn 09, Hoàng Sơn 02 (thuộc Cty Hoàng Sơn, trụ sở tại TP Thanh Hóa).
Qua kiểm tra, cơ quan chức năng xác định số xăng mà tàu Minh Châu 08 đã tiếp nhận là 248,5 tấn, trị giá hơn 7,4 tỷ đồng; còn tàu của Cty Hoàng Sơn đã tiếp nhận hơn 171 tấn, trị giá hơn 5,1 tỷ đồng.
Kết quả điều tra xác định về thủ tục giấy tờ của vụ buôn lậu này, ngày 27/7/2012, Cty TNHH MTV Xăng dầu hàng không Việt Nam (Vinapco) có mở tờ khai tái xuất 1.350 tấn xăng A92, tổng trị giá hơn 1,3 triệu USD cho Cty TNHH Hồng Phát, tỉnh Quảng Tây, Trung Quốc. Nhưng thực tế Cty Hồng Phát trên chỉ là Cty “ma” do các đối tượng vẽ ra, còn chủ thực sự của số xăng buôn lậu được làm rõ là A Minh (trú tại Phòng Thành, Trung Quốc) và Nguyễn Văn Thành, chủ khách sạn Hạ Long Star (tỉnh Quảng Ninh)…
Tại CQĐT, đối tượng Nguyễn Thanh Phương khai khoảng đầu tháng 7/2012, Nguyễn Văn Thành đến nhà Phương để bàn bạc việc mua bán xăng dầu tạm nhập tái xuất. Hai bên thỏa thuận bán theo giá thị trường, nhưng Thành sẽ “khấu” 500 đồng/lít dầu và 800 đồng/lít xăng.
Để đối phó với cơ quan chức năng trong quá trình vận chuyển, Thành và Phương dùng hợp đồng mua bán xăng dầu từ trước giữa Cty Hoàng Sơn và Cty Tiến Nhật… Quá trình điều tra, Phương đã tự nguyện nộp 80 triệu đồng tiền thu lợi bất chính.
Cơ quan chức năng còn làm rõ trước đó, Chen Xing Chun đã nhận 1.600 tấn dầu DO trị giá hơn 1,4 triệu USD của Cty xăng dầu B12, tái xuất cho Cty nhiên liệu và chất đốt Hồng Phát Uy Giang, tỉnh Quảng Tây, Trung Quốc.
Theo chỉ đạo của Thành và A Minh, Chen Xing Chun đã vận chuyển 1.600 tấn dầu DO đến vùng biển tỉnh Thanh Hóa giao bán cho Cty Hoàng Sơn 400m3 trị giá hơn 8,2 tỷ đồng, và bán cho Cty Tiến Nhật 350m3 trị giá hơn 7,1 tỷ đồng.
Cũng liên quan hành vi buôn lậu xăng dầu, cuối tháng 12/2013, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố, bắt giam chồng của Nguyễn Thanh Phương là Nguyễn Trường Sơn (SN 1954 , tức Sơn “Sắt”, trú tại phường Điện Biên, TP Thanh Hóa) và 4 người khác về hành vi buôn lậu. Đây là vụ án buôn lậu xăng dầu khác với vụ án mà Nguyễn Thanh Phương bị truy tố ở trên.
Như Tiền Phong đã thông tin, bước đầu CQĐT xác định vợ chồng Nguyễn Trường Sơn thông qua một đối tượng người nước ngoài và thống nhất nhập lậu dầu với số lượng khoảng 2.600m3 dầu DO và đặt cọc trước 26 tỷ đồng.
Các đối tượng nhập lậu dầu DO với giá 20.000 đồng/lít, đưa về Việt Nam bán với giá 21.000 đồng/lít. Sáng 17/12/2013, khi các đối tượng đang giao dịch tại vùng biển Thanh Hóa thì bị lực lượng chức năng bắt giữ. CQĐT phối hợp với Tổng Cty xăng dầu Việt Nam (Petrolimex) xác định số lượng dầu các đối tượng đã giao nhận là hơn 1.640m3 dầu DO.