Ngay sau khi báo ra, UBND huyện Nghĩa Đàn đã thành lập đoàn thanh tra, kiểm tra, xác minh sự việc. Kết quả kiểm tra sơ bộ cho thấy:
Năm 2000, UBND xã Nghĩa Tân đã tiến hành tổ chức họp các hộ dân xóm Tân Lập để triển khai chủ trương thực hiện việc cấp giấy CNQSD đất và đưa ra mức thu 1.000.000 đồng/ha là hoàn toàn trái quy định của Nhà nước (mặc dù tại thời điểm đó được nhân dân thống nhất tại cuộc họp xóm).
Quá trình tổ chức thu không đảm bảo nguyên tắc quản lý tài chính, kế toán, khi thu không sử dụng biên lai thu tiền, số tiền thu được không nộp vào ngân sách Nhà nước theo quy định của Bộ Tài chính, không mở sổ sách kế toán theo dõi thu, chi.
Để xử lý sự việc được chính xác, khách quan, đúng pháp luật, Chủ tịch UBND huyện Nghĩa Đàn đã giao đoàn thanh tra tiếp tục xác minh đối chất làm rõ các nội dung có liên quan.