Ngay sau khi được thành lập, Hiệp hội đã ban hành quy chế làm việc và họp phiên toàn thể đầu tiên để bầu ban lãnh đạo, gồm 1 chủ tịch và 3 phó chủ tịch. Theo đó, ông Lee Sang Mu, nguyên Tổng giám đốc Tập đoàn phát triển nông thôn Hàn Quốc được bầu làm Chủ tịch Hiệp hội; ông Hồ Xuân Hùng, Chủ tịch Tổng hội NN&PTNT Việt Nam được bầu làm Phó chủ tịch Hiệp hội; 2 phó Chủ tịch còn lại đến từ Trung Quốc và Mông Cổ.
Hiệp hội được thành lập nhằm tạo điều kiện thuận lợi để các doanh nghiệp, tổ chức của các quốc gia thành viên trao đổi và hợp tác khi tham gia vào lĩnh vực sản xuất nông nghiệp.