Tại Kỳ họp 35 của Ủy ban Kiểm tra Trung ương mới đây, Ủy ban đã xem xét, kết luận về kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm với Ban cán sự Đảng Bộ GTVT. Theo đó, Ban cán sự Đảng Bộ GTVT đã: Vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc; Thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, để xảy ra nhiều vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc bộ. Kết luận chỉ rõ, những sai phạm này, có trách nhiệm của cựu Bộ trưởng Đinh La Thăng, nguyên Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường, các thứ trưởng đương chức: Nguyễn Văn Công, Nguyễn Ngọc Đông và Nguyễn Nhật. Dù không nêu rõ những sai phạm trên tại doanh nghiệp nào, nhưng kết luận nêu rõ: “Vi phạm của Ban cán sự Đảng Bộ GTVT và các đồng chí nêu trên đã gây thất thoát lớn tiền và tài sản của nhà nước, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và ngành GTVT, gây bức xúc trong xã hội đến mức phải xem xét, thi hành kỷ luật”.
Trước đó, vào tháng 9/2018, Thanh tra Chính phủ đã kết luận hàng loạt sai phạm trong công tác cổ phần hóa Cty CP Cảng Quy Nhơn (Bình Định). Do vậy, Chính phủ yêu cầu Bộ GTVT phải hủy 2 văn bản trái thẩm quyền, thu hồi lại cho Nhà nước 75,01% cổ phần Vinalines đã thoái tại cảng Quy Nhơn... Sau thời gian dài đàm phán, ít ngày trước, Vinalines mới chuyển hơn 400 tỷ đồng để tiếp nhận lại số cổ phần trên.
Năm 2013, cảng Quy Nhơn bắt đầu cổ phần hóa, theo kế hoạch được duyệt, Vinalines sẽ thoái vốn nhưng vẫn giữ lại 49% cổ phần. Tuy nhiên, sau đó Vinalines lại xin chủ trương và thoái hết cổ phần tại cảng này, dù lãnh đạo và người lao động cảng Quy Nhơn kiến nghị nhà nước vẫn nên giữ lại 1 phần vốn của cảng.
Ngoài cảng Quy Nhơn, một số doanh nghiệp giao thông khác sau khi cổ phần hóa cũng có nhiều ý kiến băn khoăn về giá trị thoái vốn, sự minh bạch, như: Cổ phần hóa Tổng Cty Vận tải Thủy (Vivaso); Cảng Quảng Ninh; Bệnh viện GTVT; Hay tới nay, một số vấn đề về quyền lợi người lao động, công nợ tại các tổng công ty xây dựng công trình giao thông (các Cienco) vẫn chưa được xử lý dứt điểm…