Không lâu sau đó, những căn bệnh lạ bắt đầu xuất hiện. Người dân Minamata bị tê chân tay và môi. Một số người gặp khó khăn khi nghe và nhìn. Những người khác bị run chân tay, khó đi, hay thậm chí tổn thương não. Và cũng như lũ mèo, một số người dường như hóa điên, la hét một cách không kiểm soát được. Có cái gì đó đang tấn công hệ thần kinh trung ương của họ.
Cuối cùng, vào tháng 7/1959, các nhà nghiên cứu từ ĐH Kumamoto phát hiện nguồn gốc những căn bệnh đó là do ngộ độc thủy ngân. Tên Minamata được lấy để đặt cho bệnh này.
Minamata là một thị trấn nằm bên bờ biển Shiranui. Do vị trí giáp biển, người dân nơi đây ăn rất nhiều cá. Chế độ ăn nhiều cá của người dân và mèo ở Minamata là điểm chung dẫn đến những triệu chứng nêu trên, từ đó các nhà khoa học nghi ngờ cá trên vịnh Minamata đã bị nhiễm độc.
Một nhà máy hóa dầu quy mô lớn ở Minamata của tập đoàn Chisso ngay lập tức bị nghi ngờ. Chissco bác bỏ cáo buộc và tiếp tục sản xuất mà không thay đổi quy trình. Nhưng sau đó công ty này bị phát hiện đã xả khoảng 27 tấn hợp chất thủy ngân xuống vịnh Minamata.
Khi quá trình xả thải thủy ngân tiếp tục, những phụ nữ bị đầu độc sinh ra những em bé bị đầu độc. Nhiều đứa trẻ bị dị tật chân tay, chậm phát triển trí tuệ, mù và điếc.
Ngư dân Minamata bắt đầu phản đối Chissco từ năm 1959. Họ yêu cầu Chissco dừng xả thải độc và bồi thường thiệt hại cho những bệnh tất họ phải hứng chịu. Cuối cùng, Chissco dừng xả độc ra vịnh Minimata từ năm 1968. Theo chính phủ Nhật bản, tổng số 2.955 người đã mắc bệnh Minamata và 1.784 người đã chết. Chissco đã bồi thường cho tổng số hơn 10.000 người và tiếp tục bị kiện.
Tháng 10/1982, 40 người nộp đơn kiện chính phủ Nhật Bản vì cho rằng chính phủ đã không chặn được Chisso gây ô nhiễm môi trường. Tháng 4/2001, tòa án thượng thẩm Osaka kết luận rằng Bộ Y tế và phúc lợi của chính phủ đáng lẽ phải có biện pháp dừng tình trạng đầu độc vịnh Minamata từ cuối năm 1959, sau khi các nhà khoa học đưa ra kết luận rằng bệnh Minamata do ngộ độc thủy ngân gây ra. Tòa án cũng yêu cầu Chissco bồi thường 2,18 triệu USD cho các nguyên đơn.
Ngày 16/10/2004, Tòa tối cao Nhật Bản yêu cầu chính phủ trả 71,5 triệu yen (703.000 USD) bồi thường cho các nạn nhân Minamata. Bộ trưởng Môi trường Nhật Bản khi đó cúi đầu xin lỗi các nguyên đơn.
Sau 22 năm, những người đó đã đạt được mục tiêu buộc những ai gây ra sự cố ô nhiễm công nghiệp nghiêm trọng nhất ở Nhật Bản phải bồi thường cho sự thờ ơ của mình. Năm 2010, Chissco phải trả 2,1 triệu yen và chi phí điều trị hàng tháng cho những ai trước đây không được chính phủ đưa vào diện bị ảnh hưởng.
Đã có hơn 50.000 người nộp đơn để được hưởng bồi thường này, cho thấy sự cố môi trường cách đây mấy chục năm vẫn còn còn để lại hậu quả đến tận bây giờ.