Theo báo cáo, trong những năm qua, lực lượng chức năng đã bắt giữ nhiều vụ vi phạm gian lận thương mại như nhập, kê khai không đúng chủng loại, xuất xứ hàng hóa. Các vụ vi phạm bị bắt giữ nhiều nhưng việc xử lý chưa đủ sức răn đe. Lực lượng chức năng cũng phát hiện có 48 doanh nghiệp không được Bộ Công Thương cấp phép nhập khẩu với số container tồn đọng tại các cửa khẩu, các cảng lên tới 2.796 chiếc.
Thanh tra Chính phủ cũng cho rằng, Bộ Công Thương chưa kịp thời có văn bản kiến nghị các cấp có thẩm quyền bổ sung chế tài xử lý các hành vi vi phạm trong hoạt động tạm nhập, tái xuất. Nhiều lỗ hổng về mặt quản lý cũng được phát hiện. Kết quả kiểm tra thông quan theo hình thức kiểm tra xác suất tại 8 đơn vị tạm nhập tái xuất trong tháng 11/2013 cho thấy trong số 647 container nhập khẩu chỉ có 205 container được kiểm tra theo luồng đỏ (chiếm tỷ lệ 31,6%).
Đặc biệt, có đơn vị như Công ty TNHH Quốc tế Sao Bắc nhập 156 container nhưng thực tế không có container được kiểm tra luồng đỏ. Trong tháng 2/2013, kiểm tra tại 2 công ty có lượng container nhập là 786 chiếc, chỉ có 21 container được kiểm tra luồng đỏ (chiếm 2,6%). Điều này cho thấy việc kiểm tra xác suất luồng đỏ với hàng hóa tạm nhập, tái xuất chiếm tỷ lệ rất thấp. Có đơn vị không có container phải kiểm tra.
Báo cáo của Cục điều tra chống buôn lậu thuộc Tổng cục Hải quan cũng cho thấy, do lực lượng mỏng, hàng hóa phải chia nhỏ để tái xuất tại các đường mòn, lối mở… nên hầu hết chỉ kiểm tra được giấy tờ, chưa thể kiểm tra được hàng hóa thực tế. Khi cơ quan quản lý vào cuộc, đã phát hiện nhiều sai phạm như: Sai về hàng hóa thực xuất so với tờ khai hải quan nên khi kiểm tra phát hiện hàng chục tấn ngà voi.
Kết quả kiểm tra tại Công ty thép Vạn Thành cho thấy, do không chịu sự giám sát của cơ quan hải quan, công ty này đã chuyển tiêu thụ nội địa (không tái xuất) hơn 5.824 tấn hàng tạm nhập, tái xuất với giá trị hơn 3,9 triệu USD. Tương tự, kiểm tra tại một số doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối cũng phát hiện tình trạng DN trốn tái xuất số dầu lên tới hơn 1.724 tấn và trốn thuế nhập khẩu, thuế VAT lên tới 3,9 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ cũng kết luận nhiều tồn tại, bất cập trong quản lý hàng tạm nhập tái xuất xảy ra thời gian qua thuộc về tập thể, cá nhân được giao xây dựng thông tư hướng dẫn cũng như các cá nhân được giao nhiệm vụ liên quan đã chưa thực hiện tốt nhiệm vụ tham mưu giúp Bộ trưởng Công Thương, lãnh đạo Cục Xuất nhập khẩu trong việc quản lý chặt chẽ hàng tạm nhập tái xuất dẫn đến việc nhiều DN trốn thuế, buôn lậu, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
“Tổng cục Hải quan đã chưa thực hiện báo cáo đầy đủ, thường xuyên cho Bộ Công Thương các trường hợp DN vi phạm quy định về kinh doanh tạm nhập tái xuất hàng hóa, dẫn đến việc tồn đọng kết quả xử lý hàng hóa vi phạm. Bộ Công Thương và các lực lượng chức năng cần tăng cường trách nhiệm quản lý nhà nước, tăng cường kiểm tra, giám sát không để nguy cơ gian lận, buôn lậu xảy ra”, Thanh tra Chính phủ yêu cầu.