Trong đó, Bộ GTVT tập trung làm rõ kết luận: Xác định tổng mức đầu tư chưa chính xác gây thiệt hại, lãng phí cho ngân sách nhà nước của Thanh tra Bộ KH&ĐT.
Bộ GTVT khẳng định, trong tất cả các hợp đồng BOT đã ký kết, giá trị quyết toán cuối cùng được cấp có thẩm quyền chấp thuận mới là giá trị để cơ quan nhà nước có thẩm quyền và nhà đầu tư ký kết hợp đồng điều chỉnh nhằm xác định thời gian hoàn vốn cho dự án.
Bộ GTVT dẫn Khoản 1, Điều 4, Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ; điều khoản này quy định: “Tổng mức đầu tư là chi phí dự tính của dự án. Tổng mức đầu tư là cơ sở để chủ đầu tư lập kế hoạch và quản lý vốn khi thực hiện đầu tư xây dựng công trình”. Do đó, trong bước lập dự án đầu tư, không thể tính toán chính xác chi phí thực tế đầu tư xây dựng công trình. Tổng mức đầu tư (bao gồm cả lãi vay) không phản ánh đúng chi phí thực tế thực hiện công trình. Do đó, trong hợp đồng BOT, Bộ GTVT và nhóm công tác liên ngành (gồm có Bộ KH&ĐT, Bộ Tài chính, địa phương liên quan) đã quy định sử dụng giá trị quyết toán được cơ quan có thẩm quyền chấp thuận là giá trị cuối cùng để xác định thời gian hoàn vốn cho dự án.
“Thời gian thu phí chính thức được quyết định theo giá trị quyết toán công trình nên phần kinh phí chênh lệch giữa tổng mức đầu tư và chi phí thực tế đầu tư không phải là thất thoát hoặc lãng phí và càng không thể khai khống tổng mức đầu tư để kéo dài thời gian thu phí” - Bộ GTVT khẳng định.
Trước đó, một số cơ quan báo chí thông tin về kết luận của thanh tra Bộ KH&ĐT cho rằng, Bộ GTVT phê duyệt tổng mức đầu tư một số dự án cao hơn so với chi phí thực tế hàng trăm tỷ đồng.