Trước đó, ngày 16/7/2007, Chủ tịch UBND TPHCM đã ra Quyết định số 3726-UBND thi hành kỷ luật ông An bằng hình thức cách chức vì không lập báo cáo, đề ra biện pháp tiêu hủy nước tương “đen” vượt mức quy định dẫn đến hậu quả nghiêm trọng.
Sau đó, ngày 12/9/2007, ông An có đơn khiếu nại lên UBND TPHCM nhưng bị bác. Ngày 18/9/2008, ông An tiếp tục có đơn khiếu nại gửi lên Bộ Nội vụ.
Sau quá trình kiểm tra xác minh, ngày 26/12, Bộ Nội vụ đã có quyết định yêu cầu UBND TPHCM thu hồi quyết định trên.
Theo quyết định của Bộ Nội vụ, trong quá trình xem xét xử lý kỷ luật đối với ông Nguyễn Đức An, cơ quan có thẩm quyền đã không thành lập Hội đồng kỷ luật theo đúng quy định tại Nghị định 35/2005/NĐ-CP về các nguyên tắc xem xét kỷ luật cán bộ - công chức.
Đồng thời, chỉ đạo cơ quan có thẩm quyền tổ chức lại việc xem xét kỷ luật đối với ông An.