Ở phút 90, Công Phượng bị hậu vệ U23 UAE đốn ngã trong vòng cấm nhưng trọng tài không cho U23 Việt Nam được hưởng quả 11m. Trong tình huống này, Công Phượng có pha va chạm khá mạnh với hậu vệ U23 UAE. Cầu thủ ghi bàn thắng mở tỷ số cho U23 Việt Nam ngã văng ra và đập mạnh vai trái xuống mặt cỏ.
Công Phượng tỏ ra rất đau đớn, nhưng anh vẫn kịp ra hiệu cho các bác sĩ vào sân. Ngay sau đó, chân sút CLB Mito Hollyhock đã được đưa tới bệnh viện cấp cứu. Sau khi được kiểm tra, Công Phượng được kết luận là gãy xương quai xanh. Anh được phẫu thuật ngay trong đêm tại Qatar. Sau đó, các bác sĩ bó bột vùng vai và ngực trái trước khi để Công Phượng nghỉ ngơi và tiếp tục nằm theo dõi tại bệnh viện.
Dự kiến Công Phượng sẽ phải ở lại Qatar vài ngày để điều trị chấn thương. Ở lại cùng Công Phượng có một cán bộ phòng đội tuyển VFF và chuyên gia vật lý trị liệu Kubo Shinichi của U23 Việt Nam.
Đây thực sự là một chấn thương nặng rất đáng tiếc với Công Phượng, bởi không chỉ hôm nay là ngày sinh nhật của anh, mà cầu thủ này sắp tới sẽ sang Nhật Bản thi đấu với bản hợp đồng 1 năm cho CLB Mito Hollyhock. Thường những chấn thương tương tự như của Công Phượng sẽ phải mất ít nhất 2 tháng mới có thể tập luyện trở lại.
Từ Qatar, Tổng thư ký VFF Lê Hoài Anh đã có báo cáo gửi về Việt Nam, cùng với đó có thông báo với CLB HA Gia Lai. Ông Nguyễn Tấn Anh - trưởng đoàn bóng đá CLB HA Gia Lai đã rất sốc khi biết tin Công Phượng bị chấn thương nặng. Ông Tấn Anh cho biết do Công Phượng đã là người của CLB Mito Hollyhock nên sau khi có văn bản chính thức của VFF, sẽ có ý kiến với đội bóng này. Gần như chắc chắn Công Phượng sẽ được đưa sang Nhật Bản để có điều kiện chữa trị tốt nhất.
Tại đợt tập trung lần này, Công Phượng dường như đã gặp vận đen. Sau khi phải băng bó tay trong khoảng nửa tháng, chân sút CLB Mito Hollyhock lại bị gãy xương vai.