Nguyễn Công Phượng gia nhập Yokohama FC vào đầu năm 2023 theo dạng chuyển nhượng tự do. Sau khi hết hợp đồng với HAGL, tiền đạo quê Nghệ An nhận được nhiều lời mời hấp dẫn từ các CLB V-League nhưng anh đều từ chối để thỏa mộng xuất ngoại một lần nữa.
Tuy nhiên, giống như các lần xuất ngoại trước, Nguyễn Công Phượng không có cơ hội ra sân tại Yokohama FC. Kể từ mùa giải trước đến nay, tiền đạo này thậm chí không được điền tên vào đội hình một của Yokohama FC ngay cả khi CLB này phải xuống hạng J.League 2. Lần hiếm hoi Nguyễn Công Phượng được ra sân là tại Cúp Hoàng đế 2023, nhưng anh cũng chỉ được vào sân thay người ở phút… 90. Mùa này, Công Phượng có nhiều cơ hội hơn với 17 phút xuất hiện trên sân nhưng không để lại dấu ấn nào đáng kể.
Phần lớn thời gian ở Yokohama FC, Nguyễn Công Phượng phải tập luyện và thi đấu cùng đội trẻ. Đây là lý do khiến anh đánh mất vị trí ở đội tuyển Việt Nam trong suốt 1 năm qua. Bất chấp điều đó, Nguyễn Công Phượng khẳng định anh không có kế hoạch rời Yokohama FC sau khi được CLB này gia hạn hợp đồng vào đầu năm 2024. Tiền đạo này khẳng định anh vẫn học hỏi được nhiều điều cho dù không thi đấu chính thức ở Nhật Bản.
Chính vì vậy, không ai ngờ Nguyễn Công Phượng quyết định chia tay Yokohama FC ở thời điểm này. Trên trang chủ Yokohama FC, Nguyễn Công Phượng xác nhận hôm nay sẽ là ngày cuối cùng của anh ở CLB Nhật Bản. Trong khi đó, Yokohama FC tiết lộ cựu tiền đạo HAGL đang hoàn tất thủ tục chuyển đến một CLB “nước ngoài” thi đấu. Điều này có nghĩa Công Phượng sẽ rời Nhật Bản sau gần 2 năm bám trụ.
Không loại trừ Nguyễn Công Phượng sẽ trở lại Việt Nam thi đấu trong thời gian tới. Hiện tại, V-League 2024/25 đã chính thức khởi tranh, nhưng giải hạng Nhất vẫn mở cửa cho các CLB đăng ký cầu thủ mới.