Đối với thủy điện, theo ông Vượng, hiện, hầu hết các dòng sông, suối ở Việt Nam đã được nghiên cứu quy hoạch với 824 dự án thủy điện với tổng công suất 24.778 MW. Tuy nhiên, quy hoạch thủy điện vừa và nhỏ, phát triển năng lượng tái tạo vẫn còn những vấn đề đáng lưu ý.
Trong đó có việc để xây dựng các công trình thủy điện phải thu hồi khá nhiều đất đai các loại. (Bình quân 1 MW thủy điện vừa và nhỏ chiếm dụng khoảng 7,41 ha và tái định cư 0,16 hộ dân). Ngoài ra, quá trình xây dựng công trình ảnh hưởng nhất định đến môi trường và công trình giao thông hiện có. Chưa kể việc hình thành các tuyến đường phục vụ thi công và vận hành công trình bị “lâm tặc” lợi dụng tiếp cận để gia tăng chặt phá, vận chuyển gỗ trái phép.
Ông Vượng cũng thẳng thắn thừa nhận, công tác quản lý nhà nước về thủy điện vẫn còn một số tồn tại, hạn chế. Đơn cử: Một số chủ đầu tư, tư vấn, nhà thầu chưa nghiêm túc thực hiện, thậm chí còn vi phạm quy định pháp luật trong quá trình đầu tư xây dựng hoặc vận hành khai thác; năng lực quản lý dự án, thiết kế và thi công của nhiều đơn vị chưa đáp ứng yêu cầu; còn vi phạm quy định vận hành gây bức xúc trong dư luận.
Viện trưởng Viện Kinh tế Việt Nam, ông Trần Đình Thiên cho rằng, tiềm năng thuỷ điện của Việt Nam vẫn còn và có những lợi thế nên khai thác. Vấn đề cần làm rõ trong phát triển thủy điện là vì sao các cơ quan quản lý quyết định đưa 468 dự án thủy điện ra khỏi quy hoạch. Theo ông Thiên,ở các nước, thủy điện nhỏ và vừa cần phải coi là nguồn lực trong phát triển năng lượng của Việt Nam.
“Thực tế cho thấy, có thời gian chúng ta phát triển thủy điện rất nhiều do lợi ích quá lớn từ đất đai, khai thác gỗ”, ông Thiên nói và cho rằng, nếu kiểm soát tốt và không gây tổn hại môi trường thì các nguồn thủy điện nhỏ là một cách để hạn chế phát triển điện than.