Một bộ phận các viện, trung tâm nghiên cứu công lập sẽ phải chuyển hoàn toàn sang cơ chế tự chủ về tài chính, tổ chức bộ máy, nhân sự, quản lý và sử dụng tài sản, tránh phụ thuộc nhiều vào ngân sách nhà nước như trước kia.
Cùng với việc tự chủ, các tổ chức KH&CN công lập sẽ được hưởng nhiều ưu đãi về thuế, tín dụng và các ưu đãi khác theo quy định hiện hành.