Thanh tra Chính phủ (TTCP) xác định, mặc dù có nhiều cố gắng để kiện toàn tổ chức, nỗ lực thực hiện nhiệm vụ sản xuất kinh doanh, duy trì hoạt động, đảm bảo cho người lao động có thu nhập ổn định, thực hiện nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước, song quá trình hoạt còn để xảy ra nhiều thiếu sót, vi phạm như: thiếu trách nhiệm trong việc quyết định đầu tư, kinh doanh dự án đô thị; làm trái và buông lỏng quản lý trong hoạt động ủy quyền kinh doanh dự án cho các đơn vị thành viên với quy mô lớn; thiếu trách nhiệm đối với việc trích trước chi phí trọng yếu trong kinh doanh bất động sản vào giá vốn kinh doanh và một số nội dung về quản lý tài chính, tài sản khác cũng còn để xảy ra khuyết điểm.
Cụ thể, từ năm 2011 về trước, HUD đã quyết định các dự án đầu tư vượt xa năng lực tài chính, quản trị dẫn đến chậm trễ và trì trệ trong việc triển khai, sản phẩm dở dang quá nhiều, hàng tồn kho lớn. Điều này đẩy HUD và một số đơn vị thành viên đến tình trạng khó khăn. Nợ phải trả lớn, doanh thu, thu nhập giảm mạnh, kinh doanh kém hiệu quả.
Bên cạnh đó, tại các dự án đô thị sau khi đầu tư hạ tầng kỹ thuật, HUD không tiếp tục đầu tư công trình trên đất hoặc chuyển nhượng đất có hạ tầng cho nhà đầu tư thứ cấp mà ủy quyền đầu tư kinh doanh cho các công ty thành viên, trái Điều lệ tổ chức hoạt động và quy chế tài chính của HUD.
HUD cũng thiếu trách nhiệm đối với việc trích trước chi phí trọng yếu trong kinh doanh bất động sản vào giá, vốn kinh doanh. Tại dự án Việt Hưng, trích thiếu chi phí phải trả quá nhiều dẫn đến hậu quả thiếu nguồn vốn để xây dựng hoàn trả khối lượng các hạng mục công trình còn nợ và khối lượng giải phóng mặt bằng của dự án thực hiện quá lớn (hơn 1.000 tỷ đồng).
TTCP cũng cho rằng, việc HUD bổ sung vốn điều lệ từ lợi nhuận kinh doanh Dự án Văn Quán chưa quyết toán là không đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Mặt khác, Tổng Cty này cũng chưa tuân thủ đầy đủ quy định trong quản lý, sử dụng tài sản cố định; đầu tư sai quy hoạch chi tiết được duyệt, xây dựng tăng căn hộ và tăng sàn chung cư để kinh doanh thu lợi. Trong khi đó, một số khoản đầu tư ra ngoài doanh nghiệp hiệu quả thấp, thâm hụt vốn, ví dụ như: đầu tư vào Cty cổ phần Xi măng Sông Thao hơn 516 tỷ đồng, đến 31/12/2012 lỗ luỹ kế 305 tỷ đồng.
Ngoài ra, TTCP còn chỉ ra khoản nợ lớn mà HUD phải trả khoảng 6.600 tỷ đồng; khả năng thanh toán nợ khó khăn do mất cân đối dòng tiền, tồn kho nhiều (chiếm hơn 4.300 tỷ đồng)…
Theo đó, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Xây dựng phối hợp với các cơ quan chức năng rà soát xử lý theo pháp luật để HUD khắc phục tồn tại và tái cơ cấu. Đồng thời kiến nghị kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối những tập thể cá nhân liên quan đến khuyết điểm, vi phạm cụ thể giai đoạn từ tháng 9/2011 về trước.
Cụ thể, Hội đồng thành viên HUD với 7 người do ông Nguyễn Hiệp làm chủ tịch, Tổng giám đốc Nguyễn Đăng Nam phải chịu trách nhiệm đối với những tồn tại, vi phạm trong quyết định đầu tư vượt quá năng lực. Giai đoạn từ tháng 9/2011 - tháng 11/2012, Hội đồng HUD gồm 6 thành viên với chủ tịch là ông Nguyễn Đăng Nam, Ban giám đốc do ông Nghiêm Văn Bang làm Tổng giám đốc phải chịu trách nhiệm với việc chưa khắc phục được những khuyết điểm, tồn tại về quản lý tài sản và đầu tư, chưa tuân thủ đầy đủ, chặt chẽ về chế độ tài chính.
Về kinh tế, TTCP yêu cầu HUD nộp ngân sách hơn 262 tỷ đồng (nợ đọng tiền sử dụng đất, tiền chênh lệch giữa giá thành và giá bán 12.146 m2 sàn dự án nhà NO1,NO2 dự Pháp Vân Tứ Hiệp…); hạch toán đúng quy định đối với 20 nội dung với tổng số tiền 459 tỷ đồng…