Năm 2016, ông Tô Tử Thanh - nguyên Bí thư Tỉnh ủy Bình Định (nhiệm kỳ 1996 - 2001) đã có đơn kiến nghị Ủy ban Kiểm tra Trung ương làm rõ vấn đề cổ phần hóa cảng Quy Nhơn. Ông là một trong những người đã phát hiện ra vụ mua bán cảng Quy Nhơn đầy bất thường và đã nhiều lần kiến nghị kiểm tra, thanh tra việc cổ phần hóa (CPH) tại cảng Quy Nhơn.
Theo đó, ông Thanh yêu cầu làm rõ 3 nội dung chính: Ai chủ trương CPH để bán 100% cảng Quy Nhơn cho tư nhân? Ai xác định giá trị tài sản Nhà nước nắm giữ tại cảng Quy Nhơn chỉ hơn 400 tỷ đồng? Có lợi ích nhóm, móc ngoặc để biến tài sản Nhà nước thành tài sản tư nhân trong quá trình CPH cảng Quy Nhơn hay không?
Trao đổi qua điện thoại với PV, ông Tô Tử Thanh bày tỏ: “Theo tôi, các nội dung trong kết luận của Thanh tra Chính phủ là rất trúng vấn đề, và cơ bản đầy đủ. Đảng viên và nhân dân trong tỉnh rất phấn khởi. Trên cơ sở kết luận này, tôi tin rằng Ban Bí thư, Bộ Chính trị sẽ xem xét xử lý các đơn vị, cá nhân một cách nghiêm khắc”.
Ông Thanh cũng thừa nhận: “Bài toán hóc búa bây giờ là thu hồi 75,01% CP về sở hữu Nhà nước, xử lý tồn tại của doanh nghiệp tư nhân đã được mua cảng Quy Nhơn, rồi lãi suất của ngân hàng hơn 404 tỷ đồng phần vốn của nhà đầu tư đã bỏ ra... Nếu họ tiếp tục tham gia cổ phần thì tiếp tục tính giá trị đó cho họ, ưu tiên cho họ. Nếu họ không tham gia nữa thì họ rút vốn”.
Chỉ trong vòng từ tháng 9/2013 - tháng 9/2015, Vinalines đã 3 lần chuyển nhượng cổ phiếu để Công ty CP Đầu tư khoáng sản Hợp Thành nắm giữ 86,23% tỉ lệ vốn sở hữu cảng Quy Nhơn.