Hợp đồng thuê đất Cty 720 ký với Sở TN&MT TP Cần Thơ giữa năm 2005, có hiệu lực trong 10 năm, giá thuê mỗi năm hơn 312 triệu đồng. Năm 2007, Cục Thuế TP Cần Thơ thông báo Cty phải nộp tiền thuê đất cao hơn trong hợp đồng.
Cty khiếu nại, Cục Thuế không chấp nhận và liên tục ra thông báo số tiền phải nộp tăng theo hàng năm, thêm phạt chậm nộp, đến văn bản mới nhất ngày 9/7/2014, tổng cộng gần 12 tỷ đồng.
Trong đó, tiền thuê đất (tăng thêm) hơn 7 tỷ, phạt vi phạm hành chính gần 3 tỷ, phạt chậm nộp hơn 1 tỷ. Cty còn bị thông báo cưỡng chế bằng biện pháp vô hiệu giá trị hóa đơn sử dụng, nên không thể sản xuất kinh doanh.
Nguyên do, sau khi hợp đồng thuê đất đã ký thì nhà nước có quy định mới điều chỉnh giá đất. Cục Thuế TP Cần Thơ căn cứ vào các điều chỉnh ấy, yêu cầu Cty nộp thêm tiền thuê đất hằng năm. Cty không chấp hành sự “xía ngang hợp đồng” của Cục Thuế.
Vụ việc tranh cãi được hỏi ý kiến Bộ Tài chính, ngày 15/5, Bộ này có công văn hướng dẫn, trong hợp đồng không ghi nguyên tắc điều chỉnh giá thuê thì phải ổn định 5 năm, sau đó mới điều chỉnh giá cho thuê. Cục Thuế TP Cần Thơ vẫn giữ quan điểm trước đây.