Khan sinh năm 1936 khi Ấn Độ chưa bị chia cắt; cha là nhà giáo, còn mẹ là một nội trợ sùng đạo. Anh của Khan nằm trong số 10-20 triệu người trên tiểu lục địa phải dịch chuyển chỗ ở khi thực dân Anh cho thành lập một quốc gia Pakistan thuần Hồi giáo năm 1947.
Mãi đến 1952, Khan mới rời Ấn Độ. Ông sang quê hương mới Pakistan dù trúng tuyển đại học nhờ chính sách ưu đãi của chính phủ Ấn Độ dành cho các tầng lớp nghèo. Ông dứt áo ra đi vì xung đột tôn giáo tại Ấn Độ mới ngày càng nặng.
Ngày 18/5/1974, Ấn Độ thử thành công bom nguyên tử trong dự án “Smiling Buddha” (Nụ cười Phật Đà). Đây là vụ thử vũ khí hạt nhân đầu tiên của quốc gia ngoài năm thành viên thường trực của Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc. Sau sự kiện này, Khan đề xuất ý tưởng với sứ quán Pakistan tại Hà Lan.
Dư luận đặt câu hỏi vì sao giúp đất nước có bom hạt nhân, ông vẫn bị chính phủ kết tội năm 2004. Sau này, người ta mới biết đấy là vụ xử gượng trước sức ép của Mỹ. Từ vụ khủng bố 11/9/2001, tình báo Mỹ và Anh quyết liệt vào cuộc và phát hiện Khan đã bán bí mật hạt nhân cho một số nước bị cho là khủng bố.
Khan thừa nhận nhưng sau đó nói mình ông không thể làm nổi. Phương Tây dần tung bằng chứng các đời chính phủ Pakistan trực tiếp chỉ đạo ngầm bán bí mật hạt nhân cho Triều Tiên, Iran và Lybia. Năm 2009, ông được giảm án một cách khó hiểu dù vẫn bị giam lỏng ở nhà.
Vì sao Pakistan làm việc này khi lợi nhuận không nhiều so với cam kết viện trợ của phương Tây? Người ta một lần nữa kinh ngạc trước việc Pakistan ngày càng lộ rõ chống lưng cho Taliban để họ thực hiện cuộc lật đổ ngoạn mục chính phủ Afghanistan dân sự ngày 15/8.
Bí ẩn của Khan là bí ẩn về mức độ hận thù sâu sắc giữa Pakistan và Ấn Độ. Lo ngại hơn cả có lẽ là hành động khó lường của Pakistan, dường như có thể làm bất cứ điều gì. Khan nợ lịch sử câu hỏi tại sao đến nông nỗi thế.