Hầu hết các lá phiếu đều ủng hộ cựu trưởng giải Dương Nghiệp Khôi, người được tín nhiệm thứ nhì là ông Nguyễn Hữu Bàng - người thay thế ông Khôi ở giai đoạn cuối mùa bóng 2008.
Tuy nhiên, VFF không thể bổ nhiệm lại ông Khôi ở vị trí trưởng giải, do ông Khôi bị Bộ VH-TT&DL kỷ luật vì để xảy ra sự cố hỗn loạn trên sân Vinh hồi cuối tháng 5/2008.
Thường trực VFF dự kiến vẫn để ông Khôi chịu trách nhiệm về công việc chuyên môn của mùa bóng 2009, nhưng người làm trưởng giải sẽ là Tổng Thư ký VFF Trần Quốc Tuấn. Quyết định này chưa chính thức được thông qua nhưng có tới 99,99% ông Tuấn sẽ được bổ nhiệm vào ghế trưởng BTC mùa bóng 2009.