Các phó trưởng ban gồm Bộ trưởng NN&PTNT Cao Đức Phát (thường trực); Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Hồ Xuân Hùng và Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Văn Trọng Lý. Các ủy viên Ban Chỉ đạo là đại diện lãnh đạo 20 bộ, ngành liên quan.
Ban Chỉ đạo được giao nhiệm vụ xây dựng kế hoạch mỗi năm và 5 năm về mục tiêu, nhiệm vụ, các giải pháp và nhu cầu kinh phí thực hiện; đồng thời, chỉ đạo các bộ, ngành xây dựng, hoàn thiện hướng dẫn cơ chế, chính sách liên quan đến xây dựng NTM; chỉ đạo xây dựng đề án triển khai nội dung trong chương trình...