Quy trình kiểm soát, thanh toán dự án sử dụng vốn đầu tư công qua hệ thống Kho bạc Nhà nước quy định hồ sơ, nội dung, trình tự, thời gian thực hiện “thanh toán trước, kiểm soát sau" và “kiểm soát trước, thanh toán sau” các dự án sử dụng vốn đầu tư công qua hệ thống Kho bạc Nhà nước trong phạm vi quy định tại Nghị định số 99/2021/NĐ-CP của Chính phủ về quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công (trừ các dự án đầu tư công bí mật nhà nước) và các công trình sửa chữa, bảo trì, cải tạo, nâng cấp, mở rộng cơ sở vật chất có chi phí thực hiện từ 500 triệu đồng trở lên theo quy định tại Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/1/2020 của Chính phủ quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước.
Theo đó, Kho bạc Nhà nước sẽ áp dụng phương thức “thanh toán trước, kiểm soát sau” đối với khoản chi có hợp đồng và thực hiện thanh toán nhiều lần cho đến khi giá trị giải ngân đạt 80% giá trị hợp đồng.
Trong đó, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch làm thủ tục thanh toán ngay sau khi nhận đủ hồ sơ hợp pháp, hợp lệ theo quy định tại Nghị định số 99/2021/NĐ-CP.
Việc kiểm soát chi và xử lý kết quả kiểm tra được Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch thực hiện ngay sau khi đã thanh toán khoản chi đó.
Quy trình cũng quy định rõ, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch thực hiện “thanh toán trước, kiểm soát sau” cho từng lần giải ngân (bao gồm tạm ứng/thanh toán khối lượng hoàn thành) của hợp đồng thanh toán nhiều lần cho đến khi giá trị giải ngân đạt 80% giá trị hợp đồng thì chuyển sang hình thức “kiểm soát trước, thanh toán sau” cho các lần giải ngân kế tiếp cho đến khi thanh toán hết giá trị hợp đồng.
Trường hợp số vốn đã giải ngân chưa đạt 80% giá trị hợp đồng nhưng chủ đầu tư đề nghị thanh toán lần cuối, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch phải thực hiện hình thức “kiểm soát trước, thanh toán sau"
Còn đối với khoản chi không có hợp đồng và các khoản chi thực hiện thanh toán lần cuối của hợp đồng hoặc các khoản chi có hợp đồng có giá trị đề nghị thanh toán lớn hơn 80% giá trị hợp đồng cho đến hết giá trị hợp đồng, Kho bạc Nhà nước sẽ thực hiện phương thức “kiểm soát trước, thanh toán sau”.
Quy trình kiểm soát, thanh toán dự án sử dụng vốn đầu tư công qua hệ thống Kho bạc Nhà nước cũng nêu rõ, chủ đầu tư, ban quản lý dự án sử dụng vốn đầu tư công nguồn ngân sách nhà nước và nguồn thu hợp pháp của các cơ quan nhà nước dành để đầu tư, cơ quan ký kết hợp đồng dự án PPP, cơ quan chủ quản có thể thay mặt chủ đầu tư trong trường hợp chủ đầu tư không ở trong nước, được mở tài khoản thanh toán vốn đầu tư tại Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch thuận tiện cho chủ đầu tư.
Cùng với đó, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch thực hiện tiếp nhận hồ sơ, chứng từ do chủ đầu tư gửi đến theo cách thức quy định tại Nghị định số 11/2020/NĐ-CP của Chính phủ; Quyết định số 3519/QĐ-KBNN của Tổng Giám đốc KBNN ban hành quy trình xử lý, luân chuyển hồ sơ, chứng từ các khoản chi ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh và Quyết định số 2899/QĐ KBNN của Tổng Giám đốc Kho bạc Nhà nước ban hành kèm theo quy trình nghiệp vụ thống nhất đầu mối kiểm soát các khoản chi ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước cấp huyện không có tổ chức phòng. Đồng thời, thực hiện kiểm soát thanh toán trên cơ sở các hồ sơ, tài liệu do chủ đầu tư cung cấp, theo nguyên tắc thanh toán và quy định tại Nghị định số 99/2021/NĐ-CP của Chính phủ.
Cùng với đó, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch được phép tạm dừng thanh toán vốn, có ý kiến bằng văn bản cho chủ đầu tư trong các trường hợp: Những khoản giảm thanh toán hoặc từ chối thanh toán; trả lời các vướng mắc của chủ đầu tư trong việc thanh toán vốn; phối hợp với chủ đầu tư, các cơ quan có liên quan thu hồi số vốn sử dụng sai mục đích, sai đối tượng, trái với chế độ quản lý tài chính của Nhà nước, đồng thời báo cáo cơ quan chủ quản và Kho bạc Nhà nước cấp trên để tổng hợp báo cáo cơ quan tài chính xem xét, xử lý.
Sau khi đã làm thủ tục thanh toán, trường hợp phát hiện hồ sơ đề nghị thanh toán của chủ đầu tư chưa đảm bảo đúng chế độ hoặc thiếu hồ sơ theo quy định, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch từ chối thanh toán và chậm nhất trong vòng 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ của chủ đầu tư, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch phải có văn bản thông báo cụ thể lý do từ chối thanh toán, gửi một lần cho chủ đầu tư để hoàn thiện, bổ sung theo quy định.
Nếu quá thời hạn quy định mà không được trả lời hoặc được trả lời mà thấy chưa phù hợp với quy định hiện hành, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch báo cáo lên cơ quan có thẩm quyền cao hơn và báo cáo cơ quan tải chính để xem xét, xử lý.
Ngoài ra, quy trình kiểm soát, thanh toán dự án sử dụng vốn đầu tư công qua hệ thống Kho bạc Nhà nước quy định rõ, vốn đầu tư công thanh toán cho từng công việc, hạng mục của nhiệm vụ, dự án không được vượt dự toán được duyệt đối với trường hợp chỉ định thầu, trường hợp tự thực hiện hoặc thực hiện không theo hợp đồng.
Tổng số vốn thanh toán cho nhiệm vụ, dự án không được vượt tổng mức đầu tư đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Số vốn đầu tư công giải ngân cho nhiệm vụ, dự án trong năm cho các công việc, hạng mục của nhiệm vụ, dự án không vượt vốn kế hoạch trong năm đã bố trí cho dự án.
Đối với trường hợp thanh toán theo hợp đồng, giá trị hợp đồng không được vượt giá trị gói thầu (hoặc khoản mục chi phi); giá trị thanh toán không vượt giá trị hợp đồng đã ký hoặc hợp đồng điều chỉnh.