Mục tiêu xây dựng Khu du lịch Hòn Khoai là đa dạng về loại hình dịch vụ du lịch: tắm biển, lượn dù, ẩm thực biển, đờn ca tài tử, cắm trại dã ngoại, tham quan di tích, câu cá, câu mực ban đêm, nghỉ ngơi, dưỡng bệnh, chăm sóc sức khoẻ, giải trí, lễ hội, đáp ứng nhu cầu cho mọi lứa tuổi.
Dự án Khu du lịch sinh thái Cụm đảo Hòn Khoai bao gồm 4 phân khu chức năng chính gồm: Khu quân sự, quản lý rừng và dịch vụ hàng hải, Khu di tích lịch sử, Khu du lịch phổ thông và Khu di tích đặc thù.