Theo những khảo sát tại 8 điểm rạn san hô trong vịnh Nha Trang, từ năm 1994 đến năm 2005 độ phủ của san hô sống đã giảm từ 52,4% xuống 21,2%, tốc độ giảm trung bình 2,8%/năm.
Những nguyên nhân của tình trạng này là khai thác thủy sản mang tính hủy diệt bằng chất nổ, thuốc độc, các hoạt động du lịch, sinh vật địch hại, bệnh san hô...