Bên cạnh cuộc điều tra kép của cảnh sát và Ủy ban An toàn giao thông Nhật Bản, Japan Airlines cũng thực hiện cuộc điều tra nội bộ, phỏng vấn toàn bộ phi hành đoàn 12 người.
Đáng chú ý, cả ba phi công đều khẳng định không thể nhìn thấy máy bay của lực lượng bảo vệ bờ biển trong lúc chiếc Airbus A350 tiếp cận đường băng. Vì vậy, tổ bay vẫn thực hiện theo đúng hướng dẫn của nhân viên kiểm soát không lưu và cho máy bay hạ cánh. Cho đến khi khoảng cách hai phương tiện rất gần nhau, phi công mới phát hiện vật thể bên dưới.
Chiếc máy bay Airbus A350 nổ tung sau khi toàn bộ hành khách sơ tán được 10 phút.
Cùng với lời tường thuật vụ việc của phi công, hãng hàng không Nhật Bản mới công bố chi tiết diễn biến 18 phút trước và trong khi xảy ra vụ va chạm.
Cụ thể, chuyến bay mang số hiệu 516 khởi hành từ sân bay New Chitose đã được phép hạ cánh xuống đường băng tại sân bay Haneda, Tokyo vào lúc 17h47 chiều, tuy nhiên phương tiện này va chạm với máy bay của Lực lượng Bảo vệ Bờ biển Nhật Bản trên đường băng rồi bùng cháy.
Sau va chạm, chiếc máy bay chở khách bùng cháy nhưng vẫn tiếp tục di chuyển trên đường băng thêm 1 km rồi mới dừng lại. Đặc biệt, cơ trưởng vẫn chưa nhận thức được việc máy bay đã bị cháy lúc bấy giờ.
Trong khoảnh khắc đó, khoang máy bay tràn ngập khói. Điều đầu tiên, tiếp viên hàng không hướng dẫn hành khách cúi người, dùng khẩu trang hoặc khăn bịt mũi và miệng, kêu gọi hợp tác trong lúc chờ máy bay dừng hẳn.
Đồng thời, các tiếp viên nhanh chóng kiểm tra tình hình bên ngoài và quyết định cửa khẩn cấp nào có thể mở để hành khách thoát hiểm. Đội ngũ hướng dẫn sử dụng những câu lệnh ngắn gọn, dễ hiểu như "để lại hành lý" và "không phải cửa này" để hướng dẫn hành khách.
Sau đó, tiếp viên trưởng liên lạc với buồng lái, thông báo máy bay đang bốc cháy và cần sơ tán hành khách khẩn cấp. Khi cơ trưởng cho phép, đoàn tiếp viên nhận được hướng dẫn từ cơ trưởng để mở cửa thoát hiểm. Máy bay có tổng cộng 8 cửa thoát hiểm và hoạt động sơ tán được thực hiện ở hai cửa gần hàng ghế đầu vì tại đây có thể liên lạc ngay với các phi công.
Tuy nhiên, 5 trong số 6 cửa còn lại ở giữa và phía sau phi cơ không đảm bảo an toàn để thoát hiểm do lửa bùng mạnh, chỉ còn một cửa phía sau bên trái là không bị ngọn lửa đe dọa. Nguyên tắc nghiệp vụ nêu rõ khi mở bất cứ cửa thoát hiểm nào, tiếp viên đều phải xin phép phi công, nhưng hệ thống liên lạc nội bộ và loa phát thanh lúc này đã bị hỏng nên họ không thể trao đổi được với cơ trưởng. Trong tình huống quyết định này, các tiếp viên đã chủ động mở cửa và kích hoạt máng trượt khẩn cấp để hành khách nhanh chóng thoát ra ngoài.
Kể từ thời điểm va chạm, phi hành đoàn phải mất 18 phút để đưa tất cả 367 hành khách ra khỏi máy bay và giải cứu an toàn.
Tái hiện hiện trường dựa trên lời kể của phi hành đoàn, các quan chức của hãng hàng không lớn thứ hai Nhật xác nhận đội ngũ này đã tuân theo các quy trình khẩn cấp, bắt đầu với quy tắc đầu tiên là kiểm soát sự hoảng loạn.
Tsubasa Sawada - 28 tuổi - cho biết: “Tôi nghe thấy tiếng nổ khoảng 10 phút sau khi mọi người và tôi xuống máy bay. Tôi chỉ có thể nói đó là một phép màu, chúng tôi có thể đã thiệt mạng nếu chậm trễ khi sơ tán".
Hành động quyết đoán của đội ngũ tiếp viên của chuyến bay gặp nạn đã bảo vệ toàn bộ lữ khách. Điều này cho thấy tầm quan trọng của việc huấn luyện, diễn tập chặt chẽ của phi hành đoàn. Lãnh đạo của Japan Airlines tuyên bố tất cả tiếp viên đều được đào tạo mỗi năm một lần về quy trình sơ tán, mô phỏng các tình huống khác nhau để nắm rõ phải làm gì khi không thể liên lạc với buồng lái.
Về mặt khách quan, tiếp viên của một hãng hàng không ở châu Á nhận định đây là chuyến bay nội địa nên phần lớn hành khách là người Nhật, có chung văn hóa, ngôn ngữ nên dễ dàng hiểu và tuân thủ chỉ dẫn.