Theo đó, nếu sử dụng phương pháp xử lý bằng nhiệt thì mắm tôm sẽ được đun trong 10-15 phút ở nhiệt độ cao, liên tục khuấy trộn và phải đảm bảo nhiệt độ tối thiểu ở trung tâm khối sản phẩm luôn đạt hơn 70oC. Mắm tôm sau khi xử lý bằng nhiệt có thể tái sử dụng làm thức ăn chăn nuôi hoặc chế biến phân bón dùng trong nông nghiệp.
Biện pháp xử lý bằng đốt - chôn lấp sẽ đổ dầu khắp bề mặt khối mắm tôm cần tiêu huỷ hoặc sử dụng củi, rác khô và đốt trong 10-15 phút. Nếu xử lý bằng hoá chất - chôn lấp, dung dịch Cloramin B 10% phải pha với tỷ lệ 1:1, sau đó cho dung dịch và quấy trộn với khối mắm tôm cần tiêu huỷ.
Trong cả hai biện pháp trên, mắm tôm đều phải được chôn lấp ở độ sâu hơn 1mét. Bao bì đựng mắm tôm chỉ được chôn lấp sau khi đốt hoặc xử lý bằng chất khử trùng. Đây là những biện pháp nhằm cắt đường lây từ mắm tôm có chứa mầm bệnh.
Các địa phương có thể lựa chọn phương án xử lý thích hợp, đảm bảo vệ sinh môi trường. Trong khi thực hiện tiêu huỷ, các nhân viên tiếp xúc với mắm tôm ô nhiễm phải được bảo hộ lao động và thực hiện đầy đủ các quy chế phòng chống dịch.
Bộ Y tế cũng quyết định, từ nay cho đến khi công bố hết dịch tiêu chảy cấp nguy hiểm, các địa phương đang có dịch tiêu chảy cấp nguy hiểm phải ngừng ngay việc mua, bán, sử dụng mắm tôm; thực hiện thu gom tại chỗ và cách ly để xử lý diệt mầm bệnh, không chuyên chở mắm tôm ô nhiễm ra khỏi địa điểm thu gom khi chưa được xử lý mầm bệnh.