Qua thanh tra cho thấy quá trình sản xuất thuốc Cty Dược T.Ư 3 có sự thay đổi giữa hồ sơ đăng ký đã được thẩm định, cấp phép lưu hành và hồ sơ lô sản xuất, nhãn thuốc lưu hành thực tế nhưng chưa báo cáo với cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền.
Bên cạnh đó, đoàn thanh tra cũng phát hiện sự thiếu sót trong việc thực hiện các quy định liên quan đến thuốc gây nghiện, thuốc hướng tâm thần và tiền chất dùng làm thuốc. Kiểm tra sổ sách tồn kho nguyên liệu đã phát lộ hao hụt hơn 130g nguyên liệu codein base; trong khi đó Cty không báo cáo theo quy định.
Mặt khác, giai đoạn 2013 - 2014, Cty Dược T.Ư 3 đã thực hiện mua 7 loại thuốc với số lượng lên đến gần 100.000 viên, ống mà chưa được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt; trong đó có cả thuốc hướng tâm thần, tiền chất dùng làm thuốc... Cùng với yêu cầu chấn chỉnh tồn tại trong hoạt động sản xuất, nhập khẩu và kinh doanh thuốc, Thanh tra Bộ Y tế đã ban hành quyết định xử phạt hành chính Cty TNHH MTV Dược T.Ư 3 hơn 60 triệu đồng.