Theo TTCP, dự án đầu tư xây dựng Đại học Quốc gia TPHCM là dự án đại học đa ngành lớn và chưa từng có tiền lệ ở Việt Nam (khái toán tổng mức đầu tư hơn 6.000 tỷ đồng với diện tích trên 640 ha, quy mô đến năm 2020 là 50.000 sinh viên), nhưng đã được lãnh đạo nhà trường triển khai và đạt những kết quả đáng khích lệ, bước đầu đáp ứng mục tiêu của dự án.
Tuy nhiên, cũng theo TTCP, sau gần 10 năm triển khai, dự án mới đạt khoảng 30% kế hoạch xây dựng tổng thể. Quá trình triển khai dự án còn khuyết điểm, vi phạm trong nhiều khâu.
Cụ thể, công tác lập dự toán chưa đảm bảo tính chính xác về khối lượng theo thiết kế kỹ thuật được duyệt, tính thừa, thiếu khối lượng một số hạng mục và áp dụng chưa đúng mã định mức, đơn giá cho một số công việc.
TTCP xác định, giá trị chênh lệch làm tăng giá gói thầu khoảng 10 tỷ đồng và đề nghị xác định lại giá trị một số hạng mục thuộc gói thầu Nhà H6-Dự án QG-HCM 09.
Việc xác định giá trị các gói thầu và nghiệm thu còn chưa chính xác, thanh toán vượt so với thực tế. Tổng giá trị vi phạm phát hiện và phải loại khỏi giá trị quyết toán công trình hơn 24 tỷ đồng (trong đó Kiểm toán Nhà nước phát hiện hơn 4,3 tỷ; TTCP phát hiện hơn 19,7 tỷ đồng).
Ngoài ra, công tác quản lý đất đai của dự án và các địa phương (Dĩ An-Bình Dương; Thủ Đức-THCM) còn để hiện tượng một số hộ dân lấn chiếm đất công, lấn chiếm đất dự án, tự ý sang nhượng đất…
Việc thực hiện GPMB chưa chặt chẽ, thiếu cương quyết, còn để một số hộ dân đã nhận tiền bồi thường nhưng vẫn tự ý xây dựng công trình.
Theo đó, TTCP kiến nghị UBND TPHCM, Bình Dương chấn chỉnh công tác quản lý đất đai, điều chỉnh chính sách bồi thường, tái định cư dự án cho phù hợp; Đại học Quốc ga TPHCM loại khỏi giá trị công trình số tiền 19,7 tỷ đồng, rút kinh nghiệm, kiểm điểm tập thể, cá nhân có khuyết điểm.