Theo kết luận, trong năm học 2012 - 2013, Ban đại diện cha mẹ học sinh nhà trường thống nhất với hiệu trưởng đề ra mức thu tiền hỗ trợ dạy và học 500.000 đồng/học sinh/năm học và tổng số tiền thu được hơn 394 triệu đồng (đã chi hơn 181 triệu đồng, còn dư hơn 212 triệu đồng). Việc Ban đại diện học sinh Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn tự đặt ra mức thu tiền hỗ trợ dạy và học này là sai quy định của luật Giáo dục và thông tư của Bộ GD-ĐT về việc ban hành điều lệ Ban đại diện cha mẹ học sinh.
Từ ngày 1.1.2008 đến 9.6.2013, Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn tổ chức thu tiền học chuyên đề với mức thu 130.000 đồng/học sinh/tháng và lập thành 2 bộ chứng từ. Bộ chứng từ thứ nhất với tổng thu hơn 1,67 tỉ đồng. Trong khi đó, bộ chứng từ thứ 2 lại hạch toán trong nguồn kinh phí dạy thêm, học thêm với mức thu 20.000 đồng/tháng/học sinh với mức tổng thu hơn 422 triệu đồng. Việc Trường chuyên THPT Lê Quý Đôn không lập sổ sách kế toán chung của đơn vị theo quy định mà lập sổ quản lý riêng để chi tiêu là không đúng quy định về nguyên tắc tài chính.
Cuối năm 2012, Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn đã lập 2 bộ danh sách thanh toán tiền truy lĩnh phụ cấp ưu đãi 35% của cán bộ, giáo viên. Bộ danh sách thứ nhất gửi Kho bạc Nhà nước thanh toán cho cán bộ, giáo viên với số tiền hơn 760 triệu đồng. Bộ danh sách thứ 2 gửi Ngân hàng Đầu tư phát triển để chuyển thanh toán cho cán bộ, giáo viên với tổng số tiền hơn 678 triệu đồng. Số tiền chênh lệch hơn 82 triệu đồng chuyển vào tài khoản của bà Nguyễn Thị Ngọc Thủy, kế toán nhà trường.
Lãnh đạo nhà trường giải trình rằng trường cắt 4% trên tổng số phụ cấp ưu đãi 35% đối với cán bộ, giáo viên được truy lĩnh (trừ hiệu trưởng và một phó hiệu trưởng) để thực hiện “giao dịch” theo tinh thần của một cuộc họp Hội đồng nhà trường đã thống nhất, với số tiền hơn 26 triệu đồng. Đồng thời nhà trường trừ lại số tiền chi trả phụ cấp ưu đãi 35% năm 2012 của 7 giáo viên không tham gia giảng dạy với số tiền hơn 56 triệu đồng.
Theo tường trình của bà Nguyễn Thị Ngọc Thủy, số tiền 82 triệu đồng được thực hiện chi theo chỉ đạo của hiệu trưởng, gồm: tất niên cuối năm 15 triệu đồng, mua bia tiếp khách, tặng quà tết hơn 10 triệu đồng. Số tiền còn lại hơn 56 triệu đồng bà Thủy đem bỏ vào phong bì, dán lại cất vào hộc bàn làm việc nhưng quên nộp vì bận rộn công việc.
Đoàn thanh tra kết luận Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn lập chứng từ kế toán không đúng quy định để thanh toán tiền truy lĩnh phụ cấp ưu đãi 35% năm 2012 của 7 giáo viên không tham gia trực tiếp giảng dạy để thanh toán số tiền hơn 56 triệu đồng là vi phạm luật Kế toán. Việc trích 4% trong tổng số phụ cấp ưu đãi 35% năm 2012 của giáo viên cũng sai luật Ngân sách nhà nước.
Từ những sai phạm trên, Sở GD-ĐT yêu cầu ông Phạm Quang Bắc, Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn, nghiêm túc kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm cá nhân và báo cáo với Sở để xem xét, xử lý. Sở GD-ĐT cũng yêu cầu trường phối hợp với Ban đại diện cha mẹ học sinh trả lại cho người học khoản tiền tồn trong năm học 2012 - 2013 hơn 212 triệu đồng, thu hồi số tiền đã chi sai quy định trả lại cho cán bộ, giáo viên và ngân sách nhà nước...