Bản chất nước mưa là rất sạch. Tuy nhiên, nước mưa có thể bị ô nhiễm bởi khói, bụi, vi khuẩn có trong không khí và hệ thống mái nhà, máng thu gom dẫn về bể chứa. Do vậy, khi sử dụng nước mưa không hoàn toàn sạch (thậm chí chứa cả phân chim, phân mèo… trên hệ thống mái nhà, máng thu gom).
Nước mưa có thể sử dụng cho mục đích sinh hoạt. Đối với những vùng khan hiếm nước, có thể tận dụng nước mưa để ăn uống. Tuy nhiên, cần phải có biện pháp bảo quản và xử lý nước mưa trước khi sử dụng để đảm bảo an toàn cho sức khỏe.
Cần tránh thu hứng nước mưa ở những cơn mưa đầu mùa. Vệ sinh sạch sẽ máng thu nước mưa, bể chứa nước dự trữ. Đậy kín bể chứa nước mưa tránh bụi bẩn và côn trùng, vật lạ rơi vào. Đun sôi nước mưa 1000C trong 15 phút trước khi sử dụng cho ăn uống.
