Cụ thể, Bộ GTVT, thống nhất về các lý do và sự cần thiết phải lập quy hoạch, nhất là việc xác định ga Hà Nội và vùng phụ cận cần được xây dựng một cách thống nhất, đồng bộ và là cơ sở để tổ chức thực hiện quy hoạch, cụ thể hóa Đồ án quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt năm 2011.
Do khu vực ga Hà Nội và vùng phụ cận là trung tâm và là cửa ngõ giao thông quan trọng của thành phố, Đồ án cần có sự so sánh đối chiếu cụ thể các chỉ tiêu và các tác động của Đồ án với quy hoạch chung của thành phố. Đồ án quy hoạch có tác động lớn đến việc bảo tồn kiến trúc cổ, ảnh hưởng lớn cảnh quan và cấu trúc đô thị Hà Nội, vì vậy thành phố Hà Nội cần tham khảo ý kiến của các chuyên gia, các nhà khoa học về kiến trúc, quy hoạch và lịch sử để hoàn thiện Đồ án.
Trong quá trình hoàn thiện Đồ án, Bộ GTVT đề nghị UBND thành phố Hà Nội căn cứ lộ trình thực hiện Chiến lược, Quy hoạch phát triển GTVT của các lĩnh vực (nhất là lộ trình hoàn thiện mạng lưới đường sắt quốc gia, đường sắt đô thị, đường sắt tốc độ cao và hệ thống giao thông công cộng tại khu vực ga Hà Nội) để dự kiến lộ trình thực hiện Đồ án bảo đảm tính khả thi, hạn chế ảnh hưởng đến cuộc sống và sinh hoạt của người dân, doanh nghiệp, tổ chức trong khu vực quy hoạch.