Trước đó, ngày 15/1, Lê Anh Kiệt và Phạm Thị Xuân Hòa đã bị cơ quan điều tra bắt khẩn cấp về hành vi đe dọa giết người và được di lý ra Hà Nội để phục vụ công tác điều tra.
Xuất phát từ những mâu thuẫn nội bộ, Kiệt và Hòa đã có hành vi đe dọa giết người đối với một số thành viên của HĐQT Ngân hàng Phương Nam. Sau khi nhận được đơn tố cáo, lãnh đạo Tổng cục CSND đã chỉ đạo C17 điều tra vụ việc.
Do mâu thuẫn về làm ăn, Kiệt đã chủ mưu cùng Hòa dùng điện thoại di động nhắn tin đe dọa giết một số đồng nghiệp, trong đó có một Ủy viên HĐQT và một Phó Chủ tịch HĐQT Ngân hàng Phương Nam. Nội dung đe dọa của Kiệt và Hòa là sẽ tạt a xít hoặc giết chính nạn nhân, hoặc chồng, con của các nạn nhân này. Do lo sợ bị giết, các nạn nhân đã tố cáo với Bộ Công an.
Qua điều tra, xác minh, cơ quan điều tra xác định nội dung vụ việc đúng như đơn tố cáo của các nạn nhân. Đồng thời cũng có các đầu mối thông tin cho thấy Kiệt và Hòa là những đối tượng đáng nghi ngờ vì có mâu thuẫn với các nạn nhân. Kiệt và Hòa sử dụng nhiều điện thoại di động, mua nhiều simcard sử dụng trong một thời gian ngắn, trong đó có việc nhắn tin đe dọa đồng nghiệp.
Ngoài hành vi đe dọa giết người, Lê Anh Kiệt còn liên quan đến một số vụ sai phạm, khuất tất trong quản lý kinh tế của Ngân hàng Phương Nam. Cụ thể, năm 2004, Lê Anh Kiệt và ông Trương Ty, Chủ tịch HĐQT Ngân hàng tại thời điểm đó đã mua hai căn nhà tại TP.Hồ Chí Minh, sau đó bán lại cho Ngân hàng TMCP Phương Nam để ăn chênh lệch.
Khi thanh tra ngân hàng Nhà nước Việt Nam tiến hành thanh tra, có kết luận, Ngân hàng Phương Nam đã quyết định thu hồi tiền, không mua hai căn nhà này. Được biết, trong thời gian Trương Ty, sau đó là Kiệt làm Chủ tịch HĐQT, Ngân hàng Phương Nam liên tục bị thanh, kiểm tra.
Khi ông Trương Ty thôi chức Chủ tịch HĐQT, Lê Anh Kiệt được bầu làm Chủ tịch HĐQT nhưng chính Ngân hàng Nhà nước Việt Nam từng được đề nghị không phê chuẩn Lê Anh Kiệt vào chức danh Chủ tịch HĐQT.