Tổng thư ký Trần Quốc Tuấn được xem là “làn gió mới” trong bộ máy lãnh đạo VFF năm 2005. Lịch sử bóng đá Việt Nam chưa có ai trẻ như ông Tuấn ngồi được ở chiếc ghế có tầm quan trọng trong cả đối nội, đối ngoại như vị trí Tổng thư ký. Việc vượt qua ứng viên nặng ký Phan Anh Tú năm 2005, nhiều người nói ông Tuấn may mắn và có tác động lớn từ Tổng cục TDTT (trước là Ủy ban TDTT) và đặc biệt là ảnh hưởng lớn từ người cha của mình, cố trưởng đoàn bóng đá Khánh Hoà Chín Lộc, người mà làng bóng Việt Nam mấy chục năm về trước không ai là không biết. Đường quan lộ thuận buồn xuôi gió nhưng chẳng ai phủ nhận, ông Tuấn là người rất hợp với bóng đá Việt Nam.
Cũng trong năm 2005, khi mà hàng loạt các đại thụ như Tổng thư ký Phạm Ngọc Viễn, Phó chủ tịch VFF Lê Thế Thọ phải mất chức, được cho là cơ hội không thể tốt hơn để vị Tổng thư ký trẻ khẳng định mình. Đúng như sự kỳ vọng, ông Tuấn đã chứng minh năng lực trong thời gian ông ngồi ghế nóng. Năng lực ấy được phát huy từ chính cái bằng Tiến sỹ bóng đá của ông. Thời đó, người có bằng Tiến sỹ là “của hiếm” của bóng đá Việt Nam.
Đánh giá một cách khách quan, trong hơn 6 năm giữ chức Tổng thư ký, ông Tuấn tạo được nhiều dấu ấn, đặc biệt là những công việc đối ngoại. Hiện ông là ủy viên của Ban tầm nhìn châu Á AFC, Giám sát AFC, Uỷ viên Hội đồng AFF, Uỷ viên Ban Thi đấu AFF. Năm ngoái ông được Liên đoàn bóng đá Đông Nam Á (AFF) giới thiệu làm đại diện khu vực Đông Nam Á tham gia Thường vụ AFC nhiệm kỳ 2011-2015. Trong lịch sử, bóng đá Việt Nam chưa có ai có vinh dự được tham dự Thường vụ AFC như ông Tuấn. Với một quốc gia có nền bóng đá chậm phát triển như Việt Nam, những chân rất quan trọng trong AFC, AFF đã giúp Việt Nam có thêm vị thế và cả lợi thế trong những cuộc đua đăng cai tổ chức các sự kiện bóng đá lớn. Ở trong nước, ông Tuấn cũng từng làm trưởng BTC giải, trưởng đoàn tham dự AFF cup, SEA Games...
Được giao trọng trách nhiều vị trí quan trọng nhưng ngặt một nỗi, trong môi trường bóng đá có nhiều vấn đề rắc rối như Việt Nam, mình ông Tuấn làm tốt công việc thôi chưa đủ. Đó là lý do bóng đá Việt Nam dưới thời ông mới chỉ có thành công được ghi nhận nhất là tại AFF Cup 2008 với chức vô địch. Còn những kỳ AFF khác hoặc SEA Games, đều thất bại.
Đỉnh điểm là năm nay, với vai trò là trưởng đoàn bóng đá Việt Nam tại SEA Games 26, nhưng ông Tuấn đã không đưa ra được những quyết sách kịp thời để cải thiện tình hình. Cùng với HLV Falko Goetz, ông Tuấn là một trong 2 người bị chỉ trích nặng nề nhất sau SEA Games 26.
Nếu nhưng các cuộc chia tay trước đó của các quan chức, đều được xem là hiển nhiên và nhận được sự đồng tình cao thì cuộc ra đi này của ông Tuấn, không ít người cảm thấy có gì đó khá phũ phàng với ông, sau những gì mà ông Tuấn làm được. Không hoàn thành nhiệm vụ, sẽ phải nhận trách nhiệm. Nhưng đáng lẽ, nếu VFF không cố bảo vệ ông Goetz, người có lỗi lớn nhất tới cùng, thì sức ép đã không lớn như thế với ông Tuấn. Cần phải nhìn thẳng vào thất bại của U23 Việt Nam còn có nhiều nguyên nhân khác, ở đó chính là chúng ta quá yếu nhưng lại không thừa nhận điều này. Sự ra đi của ông Tuấn, suy cho cùng cũng chỉ là để giảm sức ép từ dư luận, chứ chẳng hy vọng sẽ giúp bóng đá Việt Nam tốt hơn, như mong muốn của ông cựu Tổng thư ký.
Người ta nói rằng, sự nghiệp của ông Tuấn thăng tiến rất nhanh khi làm việc ở VFF. Tương lai của ông chắc chắn sẽ rất sáng sủa, hứa hẹn nếu như không có biến cố ở SEA Games 26. Tiếc cho ông nhưng lại không khó để nhận thấy, bóng đá Việt Nam đang rất khó tìm người thay thế xứng đáng. Đó là nguyên nhân bóng đá nước nhà lại chậm phát triển như thời gian vừa qua.