Đây là vụ án có tính chất khá phức tạp, khi vụ việc xảy ra do quá bức xúc gia đình bị hại đã tập trung gây rối tại trụ sở Công an phường. Để đảm bảo an ninh, phiên tòa đã được bố trí tăng cường lực lượng cảnh sát bảo vệ và hỗ trợ tư pháp.
Theo cáo trạng, ngày 28-2-2011, Ban chỉ huy Công an phường Thịnh Liệt đã phân công trung tá Nguyễn Văn Ninh cùng tổ dân phòng tự quản làm nhiệm vụ xử phạt các trường hợp vi phạm giao thông đường bộ tại đường vành đai đối diện cổng phụ bến xe phía Nam thuộc địa bàn phường Thịnh Liệt. Khoảng 10 giờ 30 phút cùng ngày, Nguyễn Văn Ninh phát hiện ông Trịnh Xuân Tùng (sinh năm 1958, trú tại 252 Trần Khát Chân, quận Hai Bà Trưng, Hà Nội) không đội mũ bảo hiểm khi ngồi sau xe mô tô BKS 29 S8-7847 do ông Phạm Quân Hùng (sinh năm 1964, trú tại ngõ 26 phố Kim Hoa, phường Phương Liên, quận Đống Đa, Hà Nội) điều khiển.
Nguyễn Văn Ninh đã cho dừng xe, thông báo lỗi đồng thời lập biên bản xử phạt hành chính, với mức tiền là 150.000 đồng. Ông Hùng không ký biên bản, để lại giấy đăng ký xe rồi điều khiển xe chở ông Tùng bỏ đi. Đến 15 giờ cùng ngày, ông Hùng chở ông Tùng quay lại vị trí tổ công tác làm việc buổi sáng để gặp Nguyễn Văn Ninh xin nộp tiền phạt với mức 100 nghìn đồng. Đồng thời, ông Hùng đề nghị được hủy biên bản vi phạm và lấy lại giấy đăng ký xe. Nguyễn Văn Ninh không đồng ý.
Ông Tùng và ông Hùng đã có lời nói lăng mạ, rồi cả 2 người bỏ đi. Một lúc sau, ông Tùng quay lại có lời lẽ và hành vi chống đối rồi bỏ chạy. Thấy vậy, Nguyễn Văn Ninh đã bắt giữ bằng cách túm tóc gáy ông Tùng giật lại, tay trái Ninh giữ lưng áo bên trái ông Tùng, túm tóc ấn ghì đầu làm ông Tùng ngã nghiêng mặt xuống đất. Sau đó, ông Tùng bị khóa tay và đưa về trụ sở Công an phường Thịnh Liệt.
Từ 17 giờ đến 21 giờ cùng ngày, ông Tùng hai lần nôn mửa, có biểu hiện say rượu nên Công an phường không tiến hành làm việc. Đến khoảng 21 giờ 30 phút cùng ngày, khi nghe ông Tùng kêu đau, Công an phường Thịnh Liệt đã đưa ông Tùng đi cấp cứu tại Bệnh viện Bạch Mai. Tại Khoa cấp cứu, ông Tùng kêu đau ở vùng cổ, bụng, ngực và tê bì tứ chi.
Bệnh viện Bạch Mai đã tiến hành siêu âm xác định vùng bụng bình thường, cơ thể không có biểu hiện xây sát, bầm tím. Khoảng 17 giờ ngày 1-3-2011, Bệnh viện Bạch Mai chuyển ông Tùng tới Bệnh viện Việt Đức để điều trị tiếp. 14 giờ ngày 2-3-2011, ông Tùng được mổ cấp cứu và chuyển đến phòng hậu phẫu chăm sóc, theo dõi. Đến 6 giờ 25 phút ngày 8-3-2011, ông Tùng tử vong.
Bản Giám định pháp y của Viện pháp y Quân đội kết luận: Nguyên nhân trực tiếp gây tử vong cho ông Trịnh Xuân Tùng là do tình trạng suy hô hấp, suy tuần hoàn sau chấn thương cột sống cổ, trật đốt C4 kèm theo liệt tủy. Đặc điểm tổn thương đốt sống vùng cổ được xác định rõ: đốt C4 bị trượt ra trước, rách dây chằng dọc trước với cơ chế hình thành thương tích là cơ chế ngửa, lực tác động mạnh. Tại Tòa, bị cáo Nguyễn Văn Ninh đã khai nhận toàn bộ hành vi vi phạm như trên.
Trước khi vụ án được đưa ra xét xử, gia đình bị cáo Ninh đã tự nguyện bồi thường cho gia đình nạn nhân Tùng số tiền 500 triệu đồng.