Theo Gizmodo, Lầu Năm Góc đã tiến hành chương trình này sau khi xem xét hàng loạt các hiện tượng không thể giải thích được, với nghi vấn rằng chúng có thể là công nghệ tiên tiến phát triển bởi nước ngoài hoặc thậm chí là người ngoài hành tinh đang tìm cách do thám hành tinh của chúng ta. Trong nhiều năm, chương trình này đã cử nhiều nhà thầu liên bang đi khắp mọi miền nước Mỹ và cả trên thế giới, cố gắng xác định các hiện tượng không thể giải thích được, giống như cặp đôi Mulder và Scully trong series phim nổi tiếng X-Files.
Chương trình bí mật chưa được phân loại này có tên gọi đầy đủ là "Advanced Aerospace Threat Identification Program" (AATIP), nhận được nguồn ngân sách lên đến 22 triệu USD từ năm 2008 đến 2012, trong đó phần lớn số tiền trên được chuyển đến công ty Bigelow Airspace. Công ty này được sở hữu bởi một người bạn của Cựu Thượng nghị sỹ Mỹ Harry Reid là Robert Bigelow, và một điều trùng hợp nữa là chương trình này trước đó đã được thông qua bởi các Thượng nghị sỹ (nay đã mất) Ted Stevens và Daniel Inouye. Số tiền 22 triệu USD cho phép các nhà thầu có thể xây dựng một nhà kho bí mật tại Nevada nhằm chứa các vật thể được cho là thu được từ các UFO, cũng như nghiên cứu lời khai của các nhân chứng.
Robert Bigelow
"Dưới sự chỉ đạo của Bigelow, công ty đã chỉnh sửa các toà nhà tại Las Vegas để làm chỗ chứa cho các hợp kim và các nguyên liệu khác mà ông Elizondo và các nhà thầu chương trình nói rằng được thu hồi từ các vật thể bay không xác định. Các nhà nghiên cứu còn tìm hiểu về những người tuyên bố họ từng tiếp xúc (với người ngoài hành tinh) để xem họ có sự thay đổi nào về mặt sinh lý hay không. Chưa hết, các nhà nghiên cứu còn nói chuyện với các quân nhân cho biết từng thấy các máy bay lạ".
Thượng nghị sỹ Reid từ trước đến nay đã rất quan tâm đến UFO, và chẳng có gì lạ khi chương trình này được chỉ đạo bởi một con người kỳ lạ, cùng một ông bạn "nối khố" có khả năng thực hiện các hợp đồng béo bở với chính phủ. Các quan chức liên bang trước đây cũng từng thực hiện rất nhiều vụ điều tra về UFO, nhưng kết quả thu được lại chẳng bao nhiêu, nổi bật là dự án 1947-1969 Project Blue Book.
Nhưng theo tờ Times thì Reid sau đó cho rằng AATIP đã phát hiện ra nhiều điều khác thường nên yêu cầu phải được tăng cường an ninh để bảo vệ chương trình này, yêu cầu Phó Bộ trưởng Quốc phòng xếp AATIP vào danh sách "chương trình giới hạn truy cập đặc biệt" để chỉ một số ít các quan chức chính phủ có thể can thiệp được. Các nhà phân tích của AATIP khẳng định các chứng cứ thuyết phục về các vật thể không xác định cho thấy chúng sử dụng một loại công nghệ động cơ đẩy thế hệ mới, và Mỹ hoàn toàn không có khả năng phòng vệ nếu chúng có thái độ thù địch nhằm vào nước này.
Một trong những tài liệu liên quan AATIP cho thấy một vụ việc vào năm 2004, trong đó hai chiếc máy bay F/A-18F Super Hornet đã được điều đi để xác định "một máy bay bí ẩn" được tàu USS Princeton phát hiện ngoài biển. UFO này được cho là xuất hiện ở độ cao khoảng 24.400 mét, hạ dần độ cao về phía biển và bay cách mặt nước khoảng 6000 mét. UFO này sau đó có thể đã tăng độ cao bay mất hoặc hạ thấp xuống dưới mức radar có thể quét được. Ở thời điểm đó, hệ thống radar SPY-1 của USS Princeton là một trong những hệ thống radar chiến thuật tinh vi và mạnh nhất hành tinh.
Hai phi công là Trung tá David Fravor và Trung uý Jim Slaight đã bay đến vị trí UFO, gần đến nỗi trên màn hình radar, kí hiệu hai máy bay của họ trùng hẳn với kí hiệu của UFO. Họ thấy mặt biển có vẻ bị xẻ đôi, và "lượn trên mặt nước khoảng 15 mét là một chiếc máy bay màu trắng, dài khoảng 12 mét, hình oval. Chiếc máy bay này "nhảy" một cách thất thường, nổi trên một làn sóng xung động nhưng không di chuyển theo một phương bất kỳ nào. Sóng xung động này trông như một bọt xà phòng, như thể nước đang sôi lên vậy".
Khi máy bay tiến lại gần, Fravor cho biết "nó tăng tốc theo cách mà tôi chưa thấy bao giờ" và biến mất. Thế nhưng sự việc còn kỳ quái hơn khi máy bay anh vừa định rút lui tới một điểm khác cách đó khoảng 96km thì vật thể này lại xuất hiện trên radar chừng 1 phút. Các bạn có thể xem vụ việc trong video dưới đây.
Đây không hẳn là chứng cứ về người ngoài hành tinh, và có thể có những lời giải thích hợp lý hơn cho vụ việc này. Tuy nhiên nếu những mô tả của David Fravor là chính xác và không phải do anh này bị ảo giác, thì nó thực sự là một thách thức đối với trình độ kỹ thuật lẫn hiểu biết của con người hiện nay về vật lý học; cho thấy đây có phải là tác phẩm của một quốc gia nào đó cực kỳ tiến bộ về kỹ thuật hàng không, hay... của người ngoài hành tinh. Do đó, không quá ngạc nhiên khi một người như Harry Reid hứng thú tìm hiểu về hiện tượng này như vậy.
Và Reid cho rằng khoản tiền chi cho chương trình này là hoàn toàn hợp lý: "Tôi không thấy hổ thẹn hay cảm thấy có lỗi vì khởi xướng ra việc này. Tôi nghĩ đây là một trong những điều tốt mà tôi đã thực hiện trong sự nghiệp chính trị của mình. Tôi đã làm một việc chưa ai từng làm".
Một trong những nhà nghiên cứu tham gia chương trình, sỹ quan tình báo quân đội Luis Elizondo, người đã từ chức sau khi chương trình bị huỷ bỏ, đã tiết lộ với tờ Times rằng một người khác tại Lầu Năm Góc đã tiếp quản chương trình điều tra các vật thể bay này.
Theo Reuters, người phát ngôn Bộ Quốc phòng Laura Ochoa từ chối bình luận về việc liệu chương trình này có còn tiếp tục hay không, vị này cho biết: "Bộ Quốc phòng rất nghiêm túc trong việc đánh giá mọi mối đe doạ tiềm tàng đối với người dân, tài sản và sứ mệnh của nước Mỹ, và sẽ hành động bất kỳ khi nào các thông tin đáng tin cậy được phát hiện".