Bổ nhiệm Giám đốc Ban quản lý dự án chưa tuân thủ quy định; Chủ đầu tư cấp than cho nhà thầu phục vụ chạy thử vượt so với hợp đồng EPC. Qua nhiều lần đàm phán, chủ đầu tư và nhà thầu vẫn chưa thống nhất được giá trị và trách nhiệm của mỗi bên đối với lượng than chạy thử cấp vượt. Hợp đồng EPC còn có điểm bất lợi cho chủ đầu tư về trách nhiệm của nhà thầu khi vượt lượng than chạy thử. Đây là một trong số các nguyên nhân của việc chưa quyết toán được hợp đồng EPC.
Nhà thầu EPC thi công chậm tiến độ so với hợp đồng đã ký là 420 ngày. Do thời gian thi công chậm 420 ngày nên phát sinh chi phí, riêng số tiền lãi vay đã trả trong thời gian hợp đồng EPC bị kéo dài là 527 tỷ đồng. Đến nay, chủ đầu tư và nhà thầu đã tiến hành đàm phán qua nhiều phiên nhưng việc xác định giá trị phạt chậm tiến độ theo quy định của Hợp đồng EPC chưa được hai bên thống nhất.
Chủ đầu tư nhận bàn giao tạm thời nguyên trạng nhà máy từ nhà thầu khi các thông số kỹ thuật chưa đạt theo báo cáo nghiên cứu khả thi của dự án và hợp đồng EPC đã ký. Dây chuyền thiết bị hoạt động chưa ổn định, số ngày chạy máy và công suất không đạt theo báo cáo nghiên cứu khả thi được phê duyệt.
Đến thời điểm hiện tại, sau hơn 4 năm vận hành thương mại chủ đầu tư và nhà thầu vẫn chưa ký nghiệm thu bàn giao dự án chính thức và vẫn đang trong quá trình tiếp tục đàm phán để xử lý các tồn tại của dự án. Chủ đầu tư và nhà thầu vẫn chưa thống nhất được trách nhiệm của mỗi bên đối với những vấn đề phát sinh trong quá trình thực hiện hợp đồng nên dự án chưa được quyết toán.
Nhà máy đi vào sản xuất từ năm 2012, tuy nhiên còn tồn tại một số nội dung thuộc hợp đồng EPC chưa được khắc phục hoàn thiện phải loại trừ khỏi quyết toán hợp đồng EPC đối với các công việc về xây dựng, cơ khí, điện, đo lường, sửa chữa, giá trị bồi thường các thông số không đạt giá trị đảm bảo và công việc không được nghiệm thu với tổng số tiền 2 triệu USD và 114 tỷ đồng.
