Theo Vinpa, việc thay đổi chính sách thuế tại cùng một thời điểm sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng tới kết quả kinh doanh của các doanh nghiệp đầu mối. Cụ thể: Thuế nhập khẩu được thu ngay từ khi thông quan (đầu vào) trong khi thuế BVMT thu khi xăng dầu bán ra ngoài thị trường (đầu ra) nên khi tăng/giảm hai loại thuế cùng một thời điểm thì hàng tồn kho sẽ phải chịu 2 lần thuế. Nếu lượng hàng tồn kho này không được xử lý sẽ gây thiệt hại lớn cho doanh nghiệp.
Để gỡ khó cho doanh nghiệp, Vinpa kiến nghị Chính phủ giảm thuế nhập khẩu 30 ngày trước thời điểm áp dụng mức thuế BVMT mới để các doanh nghiệp đầu mối bán hết lượng hàng tồn kho đã nộp thuế nhập khẩu theo mức thuế cũ. Một giải pháp khác là Nhà nước chấp nhận báo cáo kiểm kê hàng hóa thực tế từ 0h0 ngày 1/5/2015 (thời điểm áp dụng mức thuế BVMT mới) để các doanh nghiệp thực hiện nộp thuế BVMT theo mức thuế suất cũ.
