Nội dung trọng yếu kiểm toán đánh giá rủi ro làm cơ sở để xác định nội dung trọng yếu kiểm toán, như: bộ phận, nội dung có rủi ro trên mức trung bình (hoặc chỉ rõ là cao); nội dung có tác động quan trọng đến các hoạt động của đơn vị (nhiệm vụ trung tâm, quy mô lớn, chi nhiều tiền...); trọng tâm cấp trên, ngành yêu cầu.
Theo Quyết định, mục tiêu của kiểm toán chuyên đề trên là xác nhận tính đúng đắn và trung thực về giá trị quyết toán của các dự án và các gói thầu mua sắm thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế và đầu tư xây dựng cơ bản ngành y tế của các đơn vị được kiểm toán; đánh giá việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước về thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế và đầu tư xây dựng cơ bản ngành y tế của các UBND tỉnh, thành phố được kiểm toán. Chỉ rõ các bất cập, hạn chế của cơ chế chính sách và các quy định hiện hành về đầu tư mua sắm, quản lý sử dụng trang thiết bị y tế trên cơ sở đó kiến nghị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền từ trung ương tới địa phương sửa đổi, bổ sung.
Kiểm toán cũng nhằm đánh giá tính tuân thủ các quy định, chế độ, chính sách của Nhà nước và của đơn vị được kiểm toán trong công tác đầu tư, mua sắm và quản lý, sử dụng thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế và đầu tư xây dựng cơ bản; phát hiện kịp thời hành vi tham nhũng, lãng phí và sai phạm trong tổ chức thực hiện đầu tư, mua sắm và quản lý, sử dụng trang thiết bị y tế và đầu tư xây dựng cơ bản; xác định rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân, kiến nghị xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật.
Đánh giá tính kinh tế (tiết kiệm), hiệu quả, hiệu lực trong công tác đầu tư, mua sắm thiết bị y tế, các công trình xây dựng cơ bản ngành y tế và đánh giá kết quả, thực trạng khai thác, quản lý, sử dụng TTBYT, các công trình xây dựng cơ bản ngành y tế tại các địa phương được kiểm toán.
KTNN sẽ kiểm toán hoạt động quản lý công tác mua sắm, quản lý, sử dụng thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế và hoạt động đầu tư xây dựng cơ bản ngành y tế tại các cơ quan quản lý tổng hợp; kiểm toán công tác mua sắm, quản lý, sử dụng thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế và hoạt động đầu tư xây dựng cơ bản ngành y tế.
Về Phạm vi kiểm toán, kiểm toán công tác đầu tư, mua sắm, trang thiết bị, thuốc y tế giai đoạn 2015 - 2017 bao gồm các nguồn vốn (vốn Trái phiếu Chính phủ, vốn ODA, vốn vay, vốn viện trợ, vốn ĐTXD tập trung từ NSNN, vốn sự nghiệp, kinh phí chi thường xuyên, quỹ PTHĐSN và nguồn khác); kiểm toán công tác quản lý, sử dụng thuốc; trang thiết bị, vật tư y tế hiện có đến 31/12/2017 do các đơn vị đang quản lý, sử dụng bao gồm cả các trang thiết bị liên doanh liên kết, đặt máy tại các cơ sở y tế và thời kỳ trước, sau có liên quan; Kiểm toán hoạt động đầu tư XDCB ngành y tế giai đoạn 2015-2017 và các thời kỳ trước, sau có liên quan
Về giới hạn kiểm toán, Kiểm toán việc mua sắm, quản lý, sử dụng thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế và đầu tư xây dựng cơ bản ngành y tế giai đoạn 2015-2017 và các năm trước, sau có liên quan (tại các đơn vị xác định khi lập kế hoạch kiểm toán); các tổ kiểm toán căn cứ tình hình thực tế để xác định giới hạn kiểm toán cho phù hợp; đối với việc sử dụng thuốc, vật tư y tế theo phác đồ điều trị, kê đơn là lĩnh vực chuyên môn của bác sỹ, các đoàn kiểm toán xác định (chỉ thực hiện kiểm toán khi xây dựng phương án thuê chuyên gia).
Kết thúc kiểm toán tại từng đầu mối kiểm toán, Đoàn kiểm toán lập Báo cáo kiểm toán (đối với đoàn kiểm toán độc lập), Phụ lục báo cáo kiểm toán chuyên đề (đối với chuyên đề lồng ghép) trình Kiểm toán trưởng tổ chức thẩm định, xét duyệt tại đơn vị, sau đó báo cáo Lãnh đạo KTNN phụ trách cho ý kiến chỉ đạo trước khi tổ chức thông báo kết quả kiểm toán và phát hành báo cáo kiểm toán
