Tại Khánh Hòa, các huyện Ninh Hòa, Vạn Ninh bị thiệt hại nặng nhất. Nước sông Dinh (sông Cái Ninh Hòa) dâng nhanh làm cho mực nước hồ Đá Bàn dâng gần chạm cao trình (59/63m), cả 03 cửa tràn của hồ phải mở để xả lũ.
Lũ lên quá nhanh, người dân các xã hạ lưu Ninh Thân, Ninh Xuân, Ninh Bình… (Ninh Hòa) trở tay không kịp. Riêng huyện Ninh Hòa đã có 8 người chết và 1 người mất tích, họ đều bị lũ cuốn trôi trong đêm 14/11, rạng sáng 15/11.
Tại Cầu Đỏ, xã Ninh Xuân có 2 người cùng bị lũ cuốn trôi lúc 17 giờ 30 ngày 14/11. Tại huyện Vạn Ninh, một em bé sinh năm 2006 bị nước cuốn trôi, đến chiều 16/11 vẫn mất tích.
Tại Phú Yên, các huyện Tây Hòa, Đông Hòa, Sơn Hòa và thành phố Tuy Hòa bị ngập nặng trong ngày 14 và 15/11. Đã có 3 người chết, hai tàu công suất lớn bị chìm ở cửa Đà Diễn (Tuy Hòa).
