Sau khi rà soát lại toàn bộ các dự án đã, đang và sắp triển khai theo hình thức BOT, Bộ GTVT đã dừng 4 dự án đã ký hợp đồng và đang triển khai; dừng 8 dự án đường bộ đã phê duyệt đề xuất, hoặc đang lập báo cáo nghiên cứu khả thi. Hiện tại, chỉ triển khai kêu gọi đầu tư BOT vào 8 đoạn cao tốc Bắc - Nam phía Đông, giai đoạn 2017-2020. Ngoài ra, Bộ GTVT đã phối hợp với các bộ ngành, địa phương, nhà đầu tư điều chỉnh vị trí một số trạm thu phí có bất cập; miễn, giảm phí; chỉ đạo các nhà đầu tư công khai thông tin dự án tại trạm thu phí (tổng mức đầu tư, thời gian thu phí, thời điểm thu phí...).
Bộ GTVT cũng chủ động mời Kiểm toán Nhà nước (KTNN) kiểm toán toàn bộ các dự án (đã kiểm toán 67 cuộc tại 60 dự án BOT, BT giao thông). Thực hiện nghiêm kết luận của KTNN, Thanh tra với các vấn đề còn tồn tại, đặc biệt là về xử lý tài chính, xử lý trách nhiệm và quyết toán chi phí đầu tư.
Nhờ đó, bất cập tại các trạm thu phí BOT đã cơ bản được giải quyết, trong đó có cả dự án trên tuyến chính và tuyến tránh. Dù vậy, vẫn còn một số trạm thu phí có tính chất đặc thù, còn gặp khó khăn, vướng mắc như: Trạm Cai Lậy (Tiền Giang), trạm T2 Quốc lộ 91 (Cần Thơ), trạm Quốc lộ 3 Thái Nguyên, Bắc Thăng Long - Nội Bài, trạm Bỉm Sơn (Thanh Hóa)… Bộ GTVT đã báo cáo, Chính phủ cũng họp và chỉ đạo xử lý.
Cụ thể, với trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài (thu phí cho tuyến tránh Vĩnh Yên, Vĩnh Phúc), Chính phủ giao Bộ GTVT kiểm tra, đánh giá toàn diện, không để xảy ra thất thoát, tham nhũng. Bộ GTVT đang triển khai cho các đơn vị liên quan thực hiện.
Với trạm thu phí Bỉm Sơn (thu phí tuyến tránh TP Thanh Hóa), Chính phủ giao Bộ GTVT nghiên cứu, triển khai phương án di dời trạm về tuyến tránh. Bộ GTVT cùng địa phương đang đàm phán với nhà đầu tư lựa chọn vị trí đặt trạm phù hợp.
Trạm thu phí Tân Đệ (Thái Bình), sau khi di dời về tuyến tránh Đông Hưng, hiện nhà đầu tư đang xây dựng trạm thu phí, dự kiến thu phí trong cuối năm nay.
Trạm thu phí Cai Lậy (Tiền Giang), Bộ GTVT đã nghiên cứu 3 phương án và xin ý kiến UBND tỉnh Tiền Giang, phấn đấu sớm thu phí trở lại. Với phương án dự kiến là có 2 trạm thu phí (trên tuyến tránh và tuyến Quốc lộ 1), thu phí thu hồi vốn cho từng hợp phần, thu đủ phần nào sẽ dừng trạm thu phí đó. Đồng thời tổ chức giao thông, cấm xe tải, xe khách lớn qua thị xã Cai Lậy.
Trạm thu phí T2 Quốc lộ 91, đang dừng thu phí để chờ các bên thống nhất phương án đảm bảo quyền lợi các bên (nhà đầu tư, người dân, ngân hàng cho vay vốn) phù hợp với nguồn lực.
Trạm thu phí trên tuyến Hòa Lạc - Hòa Bình, trong thời gian xây dựng phương án miễn, giảm phí chính thức, tạm thời đang miễn phí cho người dân quanh trạm thu phí. Hiện phương án chính thức đã được xây dựng, các bên đã thống nhất, và tình hình trạm thu phí đã ổn định.
Về triển khai thu phí tự động không dừng, hiện giai đoạn 1 đã cơ bản hoàn thành, giai đoạn 2 đã đấu thầu lựa chọn được đơn vị cung cấp. Bộ GTVT cam kết hoàn thành trước ngày 31/12/2019, theo đúng chỉ đạo của Thủ tướng.