Rùa lớn được phát hiện gần Hồ Gươm nhất cho đến nay là ở hồ Đồng Mô, Sơn Tây. Một số nhà khoa học cho rằng rùa Hồ Gươm chính là rùa Đồng Mô, cũng là rùa (còn gọi là giải) Thượng Hải (còn một vài cá thể ở Trung Quốc) - một loài rùa mai mềm. Tuy nhiên, PGS Hà Đình Đức luôn bác bỏ quan điểm này. Ông cho rằng rùa Hồ Gươm là một loài rùa hoàn toàn mới mà ông đặt tên là Rafetus leloii (để phân biệt rõ với loài Giải Thượng Hải có tên khoa học là Rafetus swinhoei) và công bố trên tạp chí Khảo cổ học số 4/2000. Tên Rafetus leloii của loài rùa này cũng đã có trong Danh lục các loài rùa trên thế giới. Quả thật xem các bức ảnh chụp đầu các con rùa Thượng Hải, Đồng Mô so sánh với đầu rùa Hồ Gươm thì thấy hình thái hoàn toàn khác. PGS Đức cho rằng rùa Hồ Gươm giống loài rùa được phát hiện ở Quảng Phú, Thanh Hóa và Hòa Bình hơn. Do đó, PGS Đức tiêu biểu cho nhóm các nhà khoa học xây dựng giả thuyết về việc Rùa Hồ Gươm là do Lê Lợi mang từ Thanh Hóa hoặc Hòa Bình về thả vào hồ để xây dựng truyền thuyết trả gươm sau khi đánh đuổi được giặc ngoại xâm.
Trước khi khảo sát kỹ giả thuyết này, phải thấy rằng cha ông chúng ta từ cả nghìn năm trước đã là những nhà tuyên giáo thượng thặng. Lưu truyền đến chúng ta câu chuyện về việc Lý Thường Kiệt làm bài thơ thần Nam Quốc sơn hà rồi sai người nấp vào đền Trương Hống, Trương Hát ngâm to giữa đêm khuya để binh lính hai bên trên phòng tuyến sông Như Nguyệt đều nghe làm tăng sĩ khí của quân nhà Lý, nhụt nhuệ khí quân Tống. Tôi cũng từng được nghe một nhà nghiên cứu văn hoá nói vào khoảng đời Lý, sự tích dân tộc Việt Nam sinh ra từ cái bọc trăm trứng của mẹ Âu Cơ mới hình thành hoàn chỉnh. Giữa nhà Lý và loạn 12 sứ quân chỉ được đệm bằng hai triều đại ngắn ngủi Đinh, Tiền Lê, tư tưởng phân tán, ly tâm trong dân chúng và hào kiệt ở thời điểm khởi đầu nhà Lý còn nặng. Để tập trung quyền lực về trung ương, xây dựng nhà nước phong kiến trung ương tập quyền hùng mạnh, để thu lòng người về một mối, có lẽ ngoài các biện pháp hành chính, các nhà “tuyên giáo”, “dân vận” của triều Lý đã khôn khéo xây dựng hoàn chỉnh truyền thuyết cái bọc trăm trứng để cố kết dân tộc về mặt tâm linh, nguồn cội.
Rồi chính các “cán bộ chính trị” của Lê Lợi đã nghĩ ra kế bôi mật (mỡ) lên lá cây thành các chữ “Lê Lợi vi quân, Nguyễn Trãi vi thần” (các khảo dị: “Lê Lợi vi quân, Lê Lai vi tướng, Nguyễn Trãi vi thần”, “Lê Lợi vi quân, dân chúng vi thần”) cho kiến ăn để lại dấu vết khiến mọi người đều tin rằng đó là “thiên mệnh”, làm dân theo nô nức, binh tướng phấn chấn, tin tưởng.
Tôi nhớ lần đến trò chuyện cả một buổi tối với PGS Hà Đình Đức. Ông đã thuyết phục được tôi về giả thuyết Lê Lợi thả rùa xuống Hồ Gươm bằng các cứ liệu và suy luận nghe có lý. Trước hết, ông thấy rằng chỉ có từ đời nhà Lê mới bắt đầu có ghi chép về việc trong Hồ Gươm có loài rùa lớn. Khi nhà Lý định đô ở Thăng Long, hồ Lục Thủy (tên cũ của Hồ Gươm) lúc đó rất rộng lớn và được các vua Lý rất lưu tâm. Nếu có giống rùa lớn sinh sống ở đây thì ắt đã được ghi vào sử sách. Nhưng suốt từ thời Lý cho đến hết thời Trần, không có nguồn tư liệu ghi chép cũng như truyền miệng nào về rùa lớn trong hồ cả. Về khoa học, nếu loài rùa to này vốn ở đất Thăng Long thì Hồ Tây và các hồ khác trong khu vực phải có. Nhưng loài rùa này không có bất cứ ở đầm hồ nào của Thăng Long xưa cũng như Hà Nội nay.
Cụ Rùa Hồ Gươm Thông tin về loài rùa to này chỉ có bắt đầu từ thời Lê và truyền thuyết Hoàn Kiếm cũng ra đời từ đó. Cũng từ đó tên hồ đổi thành hồ Hoàn Kiếm - hồ trả Gươm hay nôm na là Hồ Gươm, tên này tồn tại cho đến ngày nay thay cho tên Lục Thủy (nước xanh lục) tồn tại trước đó.
Vì vậy, có vẻ có lý nhất là khả năng Lê Lợi đưa rùa từ nơi khác đến thả vào hồ Lục Thủy và làm thủ tục hoặc tạo nên truyền thuyết trả lại thanh kiếm thần mà tương truyền ông đã được đức Long Quân cho mượn từ ngày dựng cờ khởi nghĩa. Mục đích của việc này có thể suy đoán. Nó ngụ ý rằng ông là người có trước có sau. Nó cũng cho thấy khát vọng xây dựng cuộc sống hòa bình, yên vui cho dân của ông.
PGS Hà Đình Đức còn phân tích một khả năng khác nữa. Đó là sau khi giành lại độc lập cho nước nhà, Lê Lợi nhớ đến truyền thuyết về An Dương Vương khi xây thành Cổ Loa đã được thần Kim Quy cho mượn thanh Bảo kiếm để chém đầu gà tinh trắng - kẻ phá hoại khi thành đang xây.
Khi xây thành xong, An Dương Vương đã trả lại kiếm cho thần Kim Quy. Sau đó thần Kim Quy còn cho An Dương Vương mượn cái móng chân làm lẫy nỏ thần, nhờ đó mà An Dương Vương đánh thắng giặc Triệu Đà. Nhưng sau đó An Dương Vương không trả lại móng chân cho thần. Vay mà không Trả, nhà vua đã thất Tín với thần Kim Quy. Chính vì vậy mà dẫn đến việc bị giặc đánh cắp mất lẫy nỏ thần, rồi mất nước, mất con.
Trong truyền thuyết An Dương Vương ngoài bài học cảnh giác còn có bài học lớn về chữ Tín. Cái gì vay mượn là phải trả! Lê Lợi đã rút ra bài học lớn đó. Thần đã cho mượn gươm thần làm việc lớn, khi việc đã xong thì gươm thần phải trả. Và để tăng ý nghĩa của sự kiện, ông làm điều đó giữa kinh thành. Hồ Lục Thủy khi đó không có rùa lớn, để phục vụ cho việc làm có ý nghĩa biểu tượng và tuyên truyền quan trọng này, ông đã đưa rùa từ nơi khác về thả vào đây.
Nhưng vì sao Lê Lợi lại chọn rùa làm vật để nhận lại gươm? Thì đã có sẵn đó truyền thuyết về thần Kim Quy. Rồi nữa nhiều khúc sông ở vùng Lam Sơn, Thanh Hóa quê ông có sẵn loài rùa lớn (cho đến gần đây người ta vẫn còn thấy và đánh bắt được). Sự to lớn của chúng gây ấn tượng mạnh, làm cho chúng gần với thần linh.
Nhưng PGS Đức cũng cho rằng không nhất thiết Lê Lợi phải đưa rùa lớn từ Thanh Hóa ra Thăng Long. Đường đi như thế quá xa so với thời đó. Cũng có thể Lê Lợi đã đưa rùa về từ Hòa Bình. Ở đây cũng có loài rùa rất lớn nhìn giống rùa Hồ Gươm (ở đầm Quỳnh Lâm, Hòa Bình người ta đã từng bắt được những con rùa rất to, trong đó một con nặng 175 kg, một con nặng 121 kg bắt được tháng 4 năm 1993, thấy bảo tiêu bản được lưu giữ ở Bảo tàng tỉnh Hòa Bình).
Sử sách ghi lại rằng trong 6 năm ở ngôi thì 4 năm liên tiếp Lê Lợi đã có những cuộc hành quân lên phía Tây Bắc để dẹp yên ý định ly khai của các tù trưởng. Do đó, rất có thể ông đã phát hiện và đưa rùa từ Hòa Bình theo đường sông về Thăng Long - một việc dễ làm hơn nhiều so với đưa từ Thanh Hóa.
Như vậy, sau màn sương huyền thoại về rùa Hồ Gươm đã có những giả thuyết, những cứ liệu tương đối dễ tin làm cơ sở để tiếp tục công việc. Nhưng dù có chứng minh rõ ràng Lê Lợi đã thả rùa vào Hồ Gươm đi chăng nữa thì điều này cũng không làm Hồ Gươm và câu chuyện trả gươm bớt linh thiêng đi với người Việt. Nó cho thấy cha ông đã tài trí đến thế nào. Nó là ao ước, là khát vọng hòa bình của cha ông. Nó cũng chứng tỏ những cụ rùa trong hồ là linh vật, là lưu niệm của cha ông để lại cho chúng ta từ 600 năm trước. 600 năm, một thời gian đủ dài để men lịch sử ủ mọi thứ hóa thiêng.
Tin rằng rùa Hồ Gươm là do Lê Lợi đưa về thả, ta lại có hi vọng một ngày nào đó trong Hồ Gươm sẽ lại có rùa nổi lên lặn xuống vì sông hồ nước mình mênh mông, biết đâu sẽ lại có những cụ rùa to lớn cùng loài rùa Hồ Gươm được tìm thấy.
Như vậy, sau màn sương huyền thoại về rùa Hồ Gươm đã có những giả thuyết, những cứ liệu tương đối dễ tin làm cơ sở để tiếp tục công việc. Nhưng dù có chứng minh rõ ràng Lê Lợi đã thả rùa vào Hồ Gươm đi chăng nữa thì điều này cũng không làm Hồ Gươm và câu chuyện trả gươm bớt linh thiêng đi với người Việt. Nó cho thấy cha ông đã tài trí đến thế nào. Nó là ao ước, là khát vọng hòa bình của cha ông. Nó cũng chứng tỏ những cụ rùa trong hồ là linh vật, là lưu niệm của cha ông để lại cho chúng ta từ 600 năm trước. 600 năm, một thời gian đủ dài để men lịch sử ủ mọi thứ hóa thiêng.
Một số nhà nghiên cứu phản bác hệ thống lý luận rùa Hồ Gươm có liên quan đến Lê Lợi. GS Trần Lâm Biền cho rằng truyền thuyết Hoàn Kiếm chỉ liên quan đến công cuộc chống lụt. Báo Thanh Niên từng đưa giải thích của GS Biền rằng trong quan niệm văn hoá của nhân dân, rùa (cùng với con rắn) là thuỷ quái gây lũ lụt. Cho nên cụ Lê Lợi mới dùng kiếm - biểu tượng của sấm chớp ném xuống, chém xuống. Như thế có nghĩa là để chống lầy chống lụt. Từ ý nghĩa đó nên mới có tích truyện trả kiếm cho rùa. GS Biền cũng cho rằng, tích truyện trả gươm không phải có từ thời Lê Lợi mà phải sau này mới có. Người ta cứ thêm vào mãi mà thành huyền thoại. GS Ngô Đức Thịnh cũng cho rằng rùa ở hồ và tiêu bản không liên quan trực tiếp tới vua Lê Lợi, câu chuyện nhận gươm - giao gươm là không có thật, và chỉ mang tính biểu tượng.
