Trường phổ thông dân lập Nguyễn Siêu được thành lập từ năm 1991 trong điều kiện thuê mướn địa điểm, vừa tạm bợ, chật hẹp, vừa không đảm bảo môi trường sư phạm.
Từ tháng 9/2004, nhà trường đã tạo dựng được cơ sở vật chất riêng với 2 dãy phòng học 4 tầng khang trang trên diện tích khuôn viên 10.000 m2 được cấp vốn đầu tư 18,5 tỷ đồng, trong đó có 8,5 tỷ đồng thành phố cho vay với lãi suất ưu đãi (5,4%/ năm) trong vòng 5 năm.
Năm học 2005 – 2006, trường có 53 lớp, 2.080 HS. Cơ sở vật chất của trường bao gồm 53 phòng học và 20 phòng chức năng.
Như vậy, trường Nguyễn Siêu là trường phổ thông dân lập đầu tiên của Hà Nội đạt trường chuẩn quốc gia. Được biết, với gần 1.000 trường học (cả công lập và ngoài công lập) nhưng đến nay HN chỉ mới có 61 trường được công nhận trường đạt chuẩn quốc gia. Trong đó có 2 trường ngoài công lập (trường Nguyễn Siêu và trường Mầm non tư thục Minh Hải).
