Trước đó, báo Tiền Phong đã phản ánh nhà máy này khi chạy thử (từ ngày 8/11/2015) đã gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng nghiêm trọng đến cuộc sống và sinh hoạt của hàng trăm hộ dân thôn Đa Sỹ. Vì vậy, ngày 20/2/2016, Chủ tịch UBND TP Thanh Hóa đã quyết định tạm dừng hoạt động của nhà máy để yêu cầu khắc phục hệ thống xử lý môi trường đảm bảo đúng quy định. Tuy nhiên, sau khi thực hiện một vài giải pháp, công ty chưa có báo cáo nghiệm thu các giải pháp bảo đảm vệ sinh môi trường với các ngành chức năng và UBND tỉnh thì đã tiến hành hoạt động trở lại và tiếp tục gây ô nhiễm môi trường, khiến người dân càng thêm bức xúc, yêu cầu dừng hoạt động.
Trước tình hình trên, sau khi gặp gỡ, làm việc với các bên, Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa Nguyễn Đình Xứng khẳng định: Mặc dù Công ty Cổ phần sản xuất và thương mại tổng hợp Cường Phát đã cơ bản đảm bảo trình tự, thủ tục đầu tư Nhà máy phân bón Sao Nông, nhưng trong quá trình đầu tư, công ty chưa thực hiện đúng các bước theo quy định nên đã gây ô nhiễm môi trường, vì vậy, tỉnh đồng ý cho công ty di dời toàn bộ Nhà máy phân bón Sao Nông sang địa điểm mới để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh với điều kiện phải đảm bảo mọi quy định đặc biệt là về vệ sinh, môi trường.
