Tuy vậy, El Chapo vẫn duy trì một đế chế ma túy hùng mạnh và là nhân vật trung tâm trong cuộc chiến chống ma túy. Băng Sinaloa của El Chapo đã xâm lấn vào bang Chihuahua ở miền bắc để tìm cách giành quyền kiểm soát các tuyến đường buôn lậu béo bở từ các băng đảng đối địch.
Cuộc chiến giữa Sinaloa và đối thủ biến bang Chihuahua thành một “vùng chiến sự” khiến ít nhất 3.300 người thiệt mạng trong 15 tháng qua. Thù địch giữa El Chapo và bạn làm ăn cũ Arturo Beltrán Leyva cũng giết chết hơn 600 mạng người ở Sinaloa, trong đó có cả con trai 22 tuổi của El Chapo.
Ở thành phố Culiacán thuộc bang Sinaloa, ngày ngày người ta đều bàn tán chuyện về ông trùm El Chapo. Có người cho biết một tên trộm vô tình ăn cắp xe ô tô của cháu trai ông trùm và bị thuộc hạ của hắn chặt tay để dạy cho một bài học. Một cựu quan chức bang này phải lòng một người đẹp và gửi cho cô một món quà đắt tiền. Món quà sau đó bị trả lại văn phòng của ông với dòng chữ từ El Chapo nói rằng người đẹp đó là của hắn ta và đe dọa “nếu còn gửi thêm một món quà nữa thì tôi sẽ giết ông”. Một nhà báo phụ trách mảng thông tin về buôn bán ma túy của tờ Noroeste cho biết anh tránh viết quá nhiều về El Chapo vì “không đáng chết vì điều đó”.
Khét tiếng và tiền bạc nhiều như nước, ít ai biết rằng trùm ma túy El Chapo khi xưa rất nghèo túng. El Chapo là con một người trồng hoa anh túc ở thành phố Badiraguato thuộc bang Sinaloa. Gia đình nghèo đến mức khi El Chapo còn bé xíu, người mẹ đã phải lấy một cái sọt gỗ đựng khoai tây để làm nôi cho con. Vì sinh ra trong hoàn cảnh túng quẫn như vậy nên El Chapo rất sợ phải quay lại cảnh nghèo đói đó.
Thành phố Badiraguato là một trong những khu vực nghèo nhất Mexico. Thanh niên ở đây chẳng có mấy việc làm ngoài buôn bán ma túy. Cả khu vực thành phố rộng 2.300 dặm vuông với 450 thị trấn rải rác khắp khu vực núi hiểm trở chỉ có 38 cảnh sát, 5 xe cảnh sát. Do đó, các tay súng thuộc các băng đảng ma túy thả sức tung hoành.
Những năm 1980, El Chapo là một thanh niên trẻ ở Badiraguato. Hắn trở thành phụ tá của Miguel Ángel Félix Gallardo, một cựu cảnh sát trở thành trùm ma túy hàng đầu ở Mexico. Sau khi Miguel Ángel Félix Gallardo sa lưới pháp luật năm 1989, đế chế của hắn được phân chia cho các cấp dưới. El Chapo và bạn thân Héctor Luis El Güero Palma được phần quanh khu vực biên giới ở Mexicali.
Từ đó, El Chapo tự gây dựng băng đảng của mình. Hắn đi tiên phong trong việc sử dụng đường hầm xuyên biên giới Mexico - Mỹ để vận chuyển ma túy. Một trong những đường hầm gần San Diego có cả điện, ống thông hơi và đường ray để vận chuyển ma túy. Hắn còn điều hành cả một đường dây đóng gói cocain thành các hộp ớt đội lốt nhãn hiệu Comadre để xuất khẩu ma túy sang Mỹ bằng tàu hỏa. Các chuyến hàng ma túy mang về cho El Chapo hàng triệu USD đựng trong các vali và được chuyển thẳng về từ sân bay Mexico City. Giới chức sân bay đều được đút lót để không ai kiểm tra các vali tiền của hắn.
Để bảo vệ thị phần làm ăn của mình, El Chapo đấu đá khốc liệt với các đối thủ, điển hình là băng Arellano Félix kiểm soát biên giới ở Tijuana. Năm 1992, các tay súng của El Chapo bắt cóc và giết 9 người, trong đó có luật sư và cháu trai của đối thủ. El Chapo đã chi 10 triệu USD hối lộ các quan chức cảnh sát cấp cao nhất Mexico để họ bỏ qua vụ việc.
Đầu tháng 11/1992, sau khi xe ô tô của El Chapo bị nã đạn khi hắn đang lái xe dọc đại lộ chính ở Guadalajara - trung tâm ngành buôn ma túy của Mexico, hắn đã lệnh cho một đội 40 tay súng đóng giả cảnh sát tấn công câu lạc bộ đêm của đối thủ để trả thù.
Sáu tháng sau, các tay súng băng Arellano Félix trả thù bằng vụ giết chết 7 người ở khu vực đỗ xe tại sân bay Guadalajara - nơi El Chapo tới để chuẩn bị đáp một chuyến bay. Hai vệ sĩ của El Chapo và 5 người gần đó đã thiệt mạng còn hắn thoát chết nhờ bò ra ngoài khu đỗ xe, bắt taxi chạy trốn. El Chapo tị nạn ở Mexico City, mua hộ chiếu giả, cùng bạn gái và một cộng sự chuồn tới Guatemala chờ tình hình im ắng trở lại.
Vụ bắn giết ở sân bay khiến cả Mexico rúng động, buộc chính phủ truy quét mạnh tay các băng đảng ma túy. Chỉ 16 ngày sau, El Chapo bị binh sĩ Guatemala bắt và giao cho Mexico. Bị thẩm vấn sau đó nhưng hắn chối bay chối biến hành vi buôn ma túy, một mực khai rằng “cả đời tôi, tôi chỉ biết làm ruộng”.
El Chapo bị kết án 20 năm tù và thụ án tại nhà tù siêu an ninh Puente Grande. Trong tù, hắn vẫn điều hành đế chế của mình. Hắn hối lộ hầu như tất cả mọi người trong tù, kể cả cai ngục. Nhờ tiền hối lộ, El Chapo có mọi đặc ân trong tù. Phòng giam của hắn có tivi. Hắn được chọn thực đơn cho các bữa ăn thay vì có gì ăn nấy như bạn tù khác. Hắn có điện thoại di động để tiếp tục điều hành công việc buôn ma túy. Hắn được gặp các thành viên bang Sinaloa thường xuyên. Trong số những người viếng thăm có vợ hắn, vài người tình và gái mại dâm. Hắn còn được phát cả Viagra.
Có thể nói El Chapo cai trị cả nhà tù. Các nhân viên nữ trong nhà tù, từ y tá tới đầu bếp, đều được trả tiền để quan hệ với các trùm ma túy. Một trong số đó từ chối liền bị cưỡng hiếp. Các cai ngục từ chối nhận tiền của El Chapo sẽ bị đánh đập tơi bời. Một cai ngục đã bị hắn thủ tiêu sau khi nộp đơn kiện về tình trạng lạm dụng trong nhà tù của El Chapo.
Về sau, El Chapo trốn khỏi nhà tù này. Theo hồ sơ chính thức của giới chức Mexico, El Chapo làm quen với một nhân viên bảo dưỡng nhà tù tên là Javier Camberos. Hắn nói với các cai ngục đang “hưởng lương” của hắn rằng Camberos sẽ tuồn lậu một ít vàng ra khỏi nhà tù trong một cái xe chở đồ giặt là và yêu cầu họ đừng kiểm tra xe. Nhưng vào đêm 19/1/2001, El Chapo đã trốn trong xe và được Camberos đẩy ra ngoài nhà tù. Trong thực tế, không ai rõ El Chapo thực sự trốn thoát thế nào. Nhiều người Mexico cho rằng giới chức nhà tù đã để El Chapo đàng hoàng bước ra ngoài. Các đoạn ghi hình giám sát đêm đó đều bị giới chức nhà tù xóa sạch.
Sau 13 năm trốn thoát, ngày 22/2/2014, El Chapo bị lính thủy đánh bộ Mexico tóm sau khi trốn qua một cánh cửa bí mật bên dưới một bồn tắm dẫn vào một mạng lưới đường hầm. Hắn bị bắt để rồi lại trốn thoát ngoạn mục vào ngày 11/7/2015 khi đang thụ án ở nhà tù siêu an ninh Altiplano.
Theo giới chức Mexico, việc để mất tên trùm ma túy khét tiếng nhất thế giới như một quả trứng ném thẳng vào mặt chính quyền của Tổng thống Pena Nieto, đặc biệt là sau khi chính quyền này trấn an mọi người rằng El Chapo sẽ không bao giờ trốn thoát được nữa. Cuộc truy tìm mới đến nay đã kéo dài hơn 4 tháng và chưa biết bao giờ mới tóm lại được El Chapo.
