Trước đó, ngày 29/8, Thanh tra Bộ GTVT đã ban hành Kết luận số 9633/KL về nội dung phản ánh trên báo chí liên quan đến nghi vấn lập quỹ đen tại Cục Đường thuỷ nội địa.
Sau khi có kết luận 9633, ngày 4 và 5/9, Cục Đường thuỷ nội địa và cá nhân ông Phạm Văn Thông đã đến nộp đủ số tiền 4,8 tỷ đồng vào tài khoản của Thanh tra Bộ GTVT theo yêu cầu của cơ quan này.
Theo kết quả xác minh trước đó của Thanh tra Bộ GTVT thể hiện, từ cuối năm 2015 đến 2016, có 15 nhà thầu đã đến phòng làm việc của ông Phạm Văn Thông (nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án ĐTNĐ thuộc Cục Đường thuỷ nội địa), đưa cho ông Thông hơn 4,8 tỷ đồng. Ông Thông thừa nhận "việc đưa tiền này theo chỉ đạo bằng miệng của ông Trần Đức Hải - Phó Cục trưởng Cục Đường thuỷ nội địa".
Kết quả xác minh cũng cho thấy, có 9 cá nhân là chuyên viên, trưởng các phòng nghiệp vụ của Cục Đường thuỷ nội địa đề xuất chi, sau đó lấy tiền từ ông Phạm Văn Thông để chi phí chung cho Cục Đường thuỷ nội địa là 406 triệu đồng. Các cá nhân trực tiếp nhận từ ông Phạm Văn Thông là 357 triệu đồng.
Ông Thông chi cho các hóa đơn, chứng từ do Cục Đường thuỷ nội địa như hội nghị, hội thao, phòng nghỉ, ăn uống, tiếp khách 49,3 triệu đồng. Số tiền ông Phạm Văn Thông nhận, giữ và chi không có chữ ký phải chịu trách nhiệm trước pháp luật với số tiền 4,39 tỷ đồng.
Căn cứ vào kết luận nêu 9633, Bộ GTVT giao Thanh tra Bộ ban hành quyết định thu hồi số tiền 406 triệu đồng của Cục Đường thuỷ nội địa và ban hành quyết định thu hồi 4,39 tỷ đồng của ông Phạm Văn Thông.
Về xử lý cán bộ, Bộ GTVT giao Vụ Tổ chức cán bộ tổ chức kiểm điểm lãnh đạo Cục Đường thuỷ nội địa. Trong đó, ông Hoàng Hồng Giang - Cục trưởng Cục Đường thuỷ nội địa - chịu trách nhiệm với tư cách là người đứng đầu về các sai phạm của các cá nhân liên quan.
Ông Trần Đức Hải (Phó Cục trưởng) bị kiểm điểm do có sai sót trong công tác theo dõi, quản lý chỉ đạo đối với Ban Quản lý dự án Đường Thuỷ nội địa.
Ông Trần Văn Thọ (nguyên Phó Cục trưởng, nay là Thành viên HĐTV Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam) bị kiểm điểm do có sai sót trong việc ký duyệt, để cá nhân lấy tiền từ ông Phạm Văn Thông.
Kết luận 9963, Bộ GTVT đã giao Thanh tra Bộ tham mưu Bộ GTVT có hình thức khen thưởng phù hợp cho tổ chức cá nhân đã phối hợp với Bộ GTVT thực hiện xác minh làm rõ vụ việc.
Về vụ việc này, ngày 7/9, Phó Thủ tướng Chính phủ Trương Hòa Bình đã yêu cầu Bộ GTVT chỉ đạo Thanh tra Bộ chuyển kết quả xác minh vụ việc, kèm theo các tài liệu chứng cứ liên quan đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an và Viện KSND Tối cao để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật và báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ.
