Khoảng 3h sáng ngày 9/7, tàu hàng SH3 đang dừng tránh tàu tại đường ray số 3, ga Nha Trang thì bất ngờ, tàu SE26 lại vào cùng lúc. Theo kế hoạch, tàu khách SE26 phải được dừng ở đường ray số 2 để đón, tiễn khách.
Ngay sau đó, đoàn công tác của Ban an ninh an toàn giao thông đường sắt Việt Nam đã vào ga Nha Trang làm việc để xác định rõ nguyên nhân. Kết quả cho thấy, do ông Nguyễn Huy Sơn - trực ban chạy tàu ga Nha Trang - đã lơ là trong kiểm soát tín hiệu, gây nhầm lẫn khi đón tàu mà đường chưa rộng rãi.
Đường ray tại ga Nha Trang, nơi xảy ra vụ việc Hội đồng ký luật của Chinh nhánh khai thác đường sắt Phú Khánh mở cuộc họp và đề nghị Tổng công ty đường sắt Việt Nam cách chức Trưởng ga Nha Trang đối với ông Nguyễn Huy Sơn, kéo dài thời hạn nâng lương với nhân viên gác ghi và phó ga, khiển trách trưởng phòng kĩ thuật.
Giám đốc và Phó giám đốc Chi nhánh khai thác đường sắt Phú Khánh cũng tự đề xuất hình thức khiển trách bản thân.
