Trong văn bản do Thứ trưởng Nguyễn Viết Tiến ký, Bộ Y tế nhận định, ngay sau khi tuyên án, dư luận xã hội trong và ngoài ngành y tế đã thực sự bất ngờ, bàng hoàng, bất bình dẫn đến hoang mang, lo lắng cho một số bị cáo trước bản án này. Đa số các ý kiến phản đối đều cho rằng việc khởi tố, điều tra, truy tố, xét xử đối với một số bị cáo trong vụ án này có phần khiên cưỡng, quy chụp, chưa đúng tội danh, oan sai...
Theo Bộ Y tế việc định tội danh và tuyên phạt trong phiên xét xử sơ thẩm đối với một số bị cáo còn thiếu khách quan và chưa bảo đảm khoa học pháp lý. Cụ thể, trong quá trình điều tra, Cơ quan cảnh sát điều tra tỉnh Hòa Bình đã 3 lần thay đổi tội danh đối với bị cáo Hoàng Công Lương cho thấy Cơ quan này khá lúng túng trong việc xác định tội danh do không đủ cơ sở để buộc tội. Ngay cả việc TAND thành phố Hoà Bình tuyên xử phạt bị cáo Hoàng Công Lương về tội "Vô ý làm chết người" cũng chưa phù hợp. Bộ Y tế lý giải, ở vụ án này, Lương là bác sĩ - chủ thể đặc thù, hành vi của bị cáo khi ra y lệnh là hành vi cụ thể trong hoạt động nghề nghiệp, chuyên môn kỹ thuật. Do vậy, việc xác định chủ thể tội danh vô ý làm chết người đối với Lương là không thuyết phục.
Bản án cho rằng bị cáo Lương "Ký đề xuất sửa chữa nhưng chưa nhận lại bàn giao hoặc chưa hỏi người có trách nhiệm sửa chữa hay có thẩm quyền để biết nước chạy thận đã an toàn mà đã ra y lệnh chạy thận cho bệnh nhân dẫn đến hậu quả. Xác định lỗi vô ý do cẩu thả" là chưa phù hợp với hành vi khách quan của của tội danh này vì lỗi này là lỗi hành chính, không tác động trực tiếp lên cái chết của nạn nhân. Từ các phân tích trên cho thấy, việc xác định bị cáo Lương phạm tội "Vô ý làm chết người" là không đủ yếu tố cấu thành tội phạm về chủ thể, khách quan.
Đối với bị cáo Đỗ Anh Tuấn, Bộ Y tế cho rằng Toà án nhân dân thành phố Hoà Bình tuyên xử phạt tội danh "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" cũng không phù hợp. Bộ Y tế còn cho rằng tòa buộc tội bị cáo Trương Quý Dương (cựu giám đốc) và Hoàng Đình Khiếu (cựu phó giám đốc) thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng là “khiên cưỡng, yếu chứng lý”. Theo Bộ Y tế, trách nhiệm của người đứng đầu BV có thể được đặt ra, nhưng tính chất mức độ đến đâu thì phải chứng minh được mối quan hệ từ hành vi của hai bị cáo dẫn đến hậu quả vụ án. Tuy nhiên, để xảy ra sự cố chết người, trách nhiệm chính thuộc về các bị cáo Bùi Mạnh Quốc và Trần Văn Sơn với lỗi vô ý. Tương tự, bộ này cũng nhận định việc cáo buộc Đỗ Anh Tuấn (giám đốc công ty CP dược phẩm Thiên Sơn) phạm tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng là không đủ yếu tố cấu thành tội phạm về chủ thể cũng như hành vi vi phạm.
Bộ Y tế nhận định, nếu phiên tòa phúc thẩm vẫn tuyên bị cáo Lương tội danh "Vô ý làm chết người" sẽ tạo ra một tiền lệ vô cùng nguy hiểm trong ngành y tế vì ai cũng có thể bị điều tra, truy tố xét xử với tội danh này mà bỏ qua việc truy tố các tội danh đặc trưng cho ngành y tế là “Tội vi phạm quy định về khám bệnh, chữa bệnh, sản xuất, pha chế thuốc, cấp phát thuốc, bán thuốc hoặc dịch vụ y tế khác” hay “Tội vô ý làm chết người do vi phạm quy tắc nghề nghiệp hoặc quy tắc hành chính”.
Theo bộ này, từ đây, các thầy thuốc, nhân viên y tế để an toàn cho mình sẽ bám vào thủ tục hành chính, bám vào quy trình nhiều hơn, mất rất nhiều thời gian cho các công việc ngoài chuyên môn thay vì cho sự xả thân có tính mạo hiểm của nghề nghiệp để tận tâm chữa bệnh, cứu người và hậu quả cuối cùng, người chịu thiệt thòi nhất lại là người bệnh vì họ sẽ chết, chết rất đúng thủ tục, đúng quy trình và các cơ quan bảo vệ pháp luật sẽ không bắt bẻ được.
