Theo Bộ Tài nguyên và Môi trường, tháng 10/2017, Thanh tra Bộ Nội vụ đã tiến hành thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về tuyển dụng công chức, viên chức; bổ nhiệm công chức và viên chức lãnh đạo, quản lý; số lượng cấp phó; tiêu chuẩn ngạch của công chức lãnh đạo; tiêu chuẩn chức danh nghề nghiệp của viên chức quản lý và việc ký hợp đồng lao động làm công tác chuyên môn, nghiệp vụ tại Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam trong giai đoạn từ ngày 1/1/2015 đến ngày 30/9/2017. Đây là hoạt động thanh tra định kỳ.
Ngày 27/4/2018, Thanh tra Bộ Nội vụ công khai Kết luận thanh tra. Theo đó, tất cả công chức, viên chức được bổ nhiệm đều trong danh sách quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt, đáp ứng về tuổi bổ nhiệm, trình độ chuyên môn, chứng chỉ quản lý nhà nước, ngoại ngữ, tin học, không trong thời gian bị kỷ luật theo quy định. Việc bổ nhiệm được thực hiện đúng trình tự, thủ tục. Số lượng cấp phó của các đơn vị thuộc Tổng cục được thực hiện đúng quy định. Tiêu chuẩn ngạch công chức lãnh đạo, tiêu chuẩn chức danh nghề nghiệp, viên chức quản lý và việc ký hợp đồng lao động làm công tác chuyên môn nghiệp vụ cơ bản đáp ứng theo yêu cầu.
Bên cạnh đó, kết luận chỉ ra một số trường hợp do đặc thù công tác xa nhà, lênh đênh trên biển thời gian dài để tham gia công tác thực địa, nên gặp khó khăn trong việc tham gia học tập, để đáp ứng tiêu chuẩn ngạch, tiêu chuẩn chức danh nghề nghiệp và tiêu chuẩn chức danh lãnh đạo theo quy định. Một vài trường hợp hợp đồng lao động làm công tác chuyên môn, nghiệp vụ chưa phù hợp theo quy định tại Nghị định số 68/2000/NĐ-CP ngày 17/11/2000 của Chính phủ về việc thực hiện chế độ hợp đồng một số loại công việc trong cơ quan hành chính nhà nước, đơn vị sự nghiệp.
Thực hiện Kết luận của Thanh tra Bộ Nội vụ, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam đã và đang khắc phục ngay các tồn tại, hạn chế. Trong đó, có việc sắp xếp, bố trí công việc đối với lao động hợp đồng theo đúng quy định của Nghị định số 68/2000/NĐ-CP; tổ chức rà soát và sắp xếp, bố trí, đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ trong quá trình đang kiện toàn tổ chức bộ máy của Tổng cục theo Quyết định số 06/2018/QĐ-TTg ngày 4/3/2018 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.
Quá trình sắp xếp, bổ nhiệm nhân sự bảo đảm đáp ứng đúng tiêu chuẩn, điều kiện và yêu cầu của chức danh lãnh đạo, quản lý và chức danh nghề nghiệp của viên chức. Hiện nay, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam cũng đang thực hiện tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm về những tồn tại, hạn chế và làm rõ, xử lý trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan.
