Liên quan đến những tiêu cực xảy ra tại Cty ALCII, CQĐT đã khởi tố 3 vụ án khác nhau để điều tra. Tại vụ án thứ nhất (giai đoạn 1), ông Hảo đã bị TAND TPHCM tuyên tử hình về các tội danh tham ô tài sản và cố ý làm trái, lợi dụng chức vụ quyền hạn gây thiệt hại hàng trăm tỷ đồng. Đến giai đoạn 2, ông Hảo cùng đồng phạm tiếp tục bị truy tố về hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn để thổi giá một số thiết bị lặn từ 100 triệu đồng lên 130 tỷ đồng.
Theo cáo trạng truy tố lần này, Viện KSND Tối cao cáo buộc ông Hảo cùng đồng phạm có hành vi cố ý làm trái các quy định của Nhà nước khi thực hiện chủ trương xóa nợ xấu cho một số doanh nghiệp vào năm 2008, gây thiệt hại 21 tỷ đồng.
Cụ thể, mặc dù Cty Vận tải biển Thanh Hải và Cty Cổ phần Thanh Hải của gia đình Trần Thị Phương Liên (SN 1974, bị can trong vụ án) đang còn 6 hợp đồng thuê tài chính, có dư nợ đến hạn phải trả hơn 20 tỷ đồng.
Nhưng vì muốn xóa nợ xấu để chuẩn bị cho việc cổ phần hóa, ông Hảo đã chỉ đạo cấp dưới, thông đồng với bị can Liên và Đào Văn Quảng, Giám đốc Cty Cổ phần đóng tàu Hải Phòng ký thực hiện phụ lục bổ sung hợp đồng cho thuê tài chính và hợp đồng mua bán để lấy tiền trả nợ cho các Cty của bà Liên. Việc làm của ông Hảo và các bị can đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 21 tỷ đồng.