Có những điều gây khó hiểu cho công chúng, như vì sao những công ty đã nhiều lần bị phát hiện sản xuất phân bón kém chất lượng, quảng cáo hoàn toàn không đúng sự thật, kết quả kiểm nghiệm hàng hóa cho thấy các chất thực có không như in trên bao bì, mà vẫn cứ tiếp tục được vận hành sau khi nộp phạt? Tại sao người đứng đầu các ban 389 phòng chống hàng giả ở các tỉnh thành để các loại phân bón dỏm, giả được mua bán công khai trên địa bàn mình phụ trách, mà không bị kỷ luật? Tại sao các cơ quan hành pháp với đầy đủ công cụ tác nghiệp lại tỏ ra bất lực trước thực trạng phân bón dỏm, giả gây tác hại nghiêm trọng cho nền nông nghiệp nước nhà?
Chính phủ, các Bộ ngành đã ban hành rất nhiều Thông tư, Nghị định liên quan, nhằm thiết lập lại trật tự sản xuất phân bón, nhưng thực tế cho thấy hiệu quả đạt được chẳng bao nhiêu. Ông Nguyễn Hạc Thúy, phó Chủ tịch thường trực kiêm Tổng Thư ký Hiệp hội phân bón Việt Nam cho rằng ngay trong những Thông tư, Nghị định này cũng vẫn còn bộc lộ nhiều điều bất cập, vì chưa có một quy hoạch tổng thể nào đủ tính khoa học và cơ sở lý luận cho ngành phân bón phát triển đúng hướng, bảo đảm vừa không lãng phí tài nguyên đất nước, vừa ngăn chặn được những doanh nghiệp yếu kém cả về ý thức lẫn thực lực sản xuất hàng giả, hàng kém chất lượng tung ra thị trường. Ông Thúy cho biết trong Hội thảo quốc gia về phân bón tổ chức tại Hà Nội ngày 12/10/2015 này, Hiệp hội sẽ kiến nghị Quốc hội, Chính phủ quan tâm khắc phục, chỉnh sửa những điểm bất hợp lý trên.
Ngày 11/10/2015 chị H’Djuang Niê ở xã Cuôr Đăng, huyện Cư M’gar, tỉnh Đắk Lắk liên lạc với Ban Đại diện báo Tiền Phong khu vực Tây Nguyên cho biết: Nhiều gia đình nông dân xã Cuôr Đăng rất hoang mang vì mua phải phân bón lá giả, không rõ nguồn gốc xuất xứ. Nhìn cây không ra lá, rụng hoa, đất sượng cằn, dân nghèo thấy mình bị lừa, chỉ biết khóc. Nhất là đồng bào các dân tộc thiểu số thật thà, cứ thấy đại lý bày bán và quảng cáo bốc trời, là cả tin mua thôi. Già làng buôn chị nhờ nhà báo hỏi Chính phủ: Nếu nhà nước biết nơi sản xuất phân giả mà không nghiêm trị đúng pháp luật, thì ai cứu dân mình thoát khỏi tệ nạn phân bón giả đây?