Đối với lĩnh vực NSNN, sẽ tổ chức kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN năm 2016 tại Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, 13 Bộ, cơ quan trung ương và 47 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; lĩnh vực kiểm toán hoạt động lựa chọn 8 chủ đề để tổ chức kiểm toán; lĩnh vực chuyên đề lựa chọn 27 chuyên đề để tổ chức kiểm toán.
Trong lĩnh vực đầu tư xây dựng và chương trình, dự án tổ chức 59 cuộc kiểm toán với 83 dự án, trong đó có 20 dự án BOT, 1 dự án BT, 1 dự án BOT kết hợp BT và 14 dự án sử dụng vốn ngoài nước; lĩnh vực doanh nghiệp và tổ chức tài chính - ngân hàng sẽ tổ chức kiểm toán tại 34 đầu mối, gồm: Ngân hàng nhà nước; 25 tập đoàn, tổng công ty nhà nước; 8 ngân hàng và các tổ chức tài chính, tín dụng, trong đó có 2 ngân hàng được Ngân hàng nhà nước mua lại với giá 0 đồng...
Ngoài ra, năm 2017, KTNN tiếp tục lựa chọn chủ đề kiểm toán hoạt động quản lý, sử dụng ngân sách cấp huyện năm 2016 và một số chủ đề kiểm toán được dư luận xã hội quan tâm, một số chương trình - dự án sử dụng vốn vay ngoài nước và hoạt động quản lý đầu tư xây dựng của một số Tập đoàn kinh tế... với quy mô hợp lý để tổ chức đánh giá tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực trong quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công.