Liên minh này đã bày tỏ sự phản đối với việc khởi động Các thủ tục Thông báo - Tham vấn - Đồng thuận trước (PNPCA) cho con đập Xayaboury, và cáo buộc, việc khởi động PNPCA khi các tài liệu về dự án Đập Xayabouri chưa được công bố tới công chúng là biểu hiện của sự thiếu minh bạch.
Liên minh Cứu sông Mê Kông cũng cho rằng, thay vì tư vấn cho chính phủ các nước thành viên MRC rằng PNPCA chưa đạt được tính minh bạch, công khai và đáng tin cậy, Ban thư ký MRC đã mở đường và thậm chí khuyến khích quá trình PNPCA.
Phân tích cho thấy, những tác động nghiêm trọng mà con đập Xayaboury sẽ gây ra đối với môi trường sinh thái và cuộc sống của người dân trong lưu vực. Đập Xayaboury sẽ khiến nhà cửa của khoảng 2.130 người dân thuộc 10 ngôi làng chìm trong nước; hơn 200.000 người sống gần đập Xayaboury cũng sẽ bị ảnh hưởng đến sinh kế, thu nhập và an ninh lương thực.
Con đập cũng làm thay đổi môi trường thủy sinh và hệ sinh thái của con sông Mê Kông khi chặn một tuyến di cư quan trọng của cá tới nhánh thượng nguồn của Luang Prabang ở Lào và Chiang Khong, Chiang Saen ở Thái Lan, đẩy 41 loài cá vào nguy cơ tuyệt chủng. Thủy điện Xayabouri có công suất 1.280 MW.